这个世界上存在着异形之物，其姿态千变万化，即为“妖梦”，以除去妖梦为业的，即为异界士。本作主人公神原秋人（KENN 配音），看起来是个普通的高二男生，实际上是由人类和妖梦结合而诞生的“半妖”。拥有不死之身的他，于某个黄昏，在校园天台遇见一名想要跳楼的少女栗山未来（种田梨纱 配音），出乎意料的是，少女居然对他发起了攻击。原来，看起来是个普通新生的眼镜美少女，竟是一名能够操纵血的异界士。 　　拥有特殊能力的栗山未来，引起了异界士名门望族名濑家的注意。与秋人同为文艺部的名濑美月（茅原实里 配音）即是名濑家的次女，她嘱咐秋人远离栗山。肆虐的妖梦，孤独行走于世的异界士，以及罕有的半妖，在境界的彼方展开一个奇异的幻想故事。

这是一个黑白颠倒欲望横行的罪恶时代，贫富差距的急剧增大直接导致了罪恶和仇恨的火种开始暗自燃烧。在六木本俱乐部中有着一个关于“女神”的传说，传说中，只要得到了女神的祝福，便能够实现所想的愿望。前战地摄影师雑贺辰己（高田裕司 配音）正在调查一宗议员谋杀案，误打误撞之中，他得到了女神——少女天王洲神乐（斉藤圭 配音）的吻，当他因拍下了女神容貌而被追杀的时候，辰己发现自己奇迹般的拥有了不死之身，而手中的相机，似乎也有了如同武器一般的强大威力。　　长久以来，神乐都遭受着母亲天王洲神泉（高岛雅罗 配音）的虐待，成为女神，更是由于被催眠之故。于是，辰己带着神乐，利用自己“写杀”的异能力，开始了一段惊险而又刺激的逃亡之旅。

故事发生在一个小镇上，冈崎朋也（中村悠一 配音）是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平（阪口大助 配音）。　　某天的上学途中，在樱花飞舞的坡道上，他邂逅了一名少女——古河渚（中原麻衣 配音），从此他的生活发生改变。渚因病休学一年，重返校园的她对周围环境感到相当不适应。她想加入戏剧部，然而戏剧部早已休部。朋也决定帮助她一起开展戏剧部的活动，二人关系变得越发亲密。随后不久朋也在图书馆中结识了一名天才少女一之濑琴美（能登麻美子 配音）。　　《CLANNAD》是京都动画根据Key社同名游戏改编的TV版动画作品，动画以游戏原作的古河渚线为主要剧情，并穿插其他女主角的相关剧情。

　　在闹市区的后巷中，平凡高中生藤岛鸣海（松冈祯丞 配音）目睹了一桩突发事件。不日，他被同班同学彩夏带去了她打工的“花丸拉面店”，在这里，他居然又遇到了当天那三个“可疑人物”——柏青哥高手阿哲、“军事宅男”少校以及相貌俊美的宏哥，三人自称为“尼特族侦探”。就在鸣海一头雾水时，他阴错阳差地来到了“NEET侦探事务所”，遇上了一名奇怪的少女爱丽丝（小仓唯 配音）。爱丽丝看似是一个足不出户的家里蹲，事实上她是个拥有高超技术的网络黑客，她利用自己的能力接受委托，成为尼特族侦探。　　因缘际遇下，鸣海当上了爱丽丝的助手，帮助调查事件。这个没什么存在感的平凡高中生，在尼特族侦探团中能起到作用吗？曾经不希望和别人有过多来往的鸣海，会和爱丽丝以及尼特族的大家产生什么样的羁绊？

从表面上来看，美夕（长沢美树 配音）是一个普通的少女，但她还有着第二重身份——东方吸血鬼。但是，作为一个吸血鬼，美夕的猎物并不是人类，正相反，她的任务是解救被“魔神”侵蚀的人类，不惜一切手段，甚至是将人类送入地狱。“魔神”，是善于控制人类心智的一种魔物，它们潜伏在人类的内心深处，待到最恰当的时机突然爆发，而这种爆发，对于人来来说，往往都意味着死亡。美夕正是用吸血的方式，将魔神驱逐出人类的身体再加以消灭。同时，作为美夕一直的敌人，冷羽（绪方美惠 配音）一直在其后紧追不舍。　　在战斗的进程中，美夕渐渐发现，魔神并不是真正的敌人，真正的敌人是躲在魔神背后的操纵者，只有消灭了操纵者，才能够使人类获得永恒的救赎。而当操纵者的真面目出现在美夕面前时，美夕受到了极大的震撼。