这是人类的体内。　　许许多多的细胞勤奋工作的世界。　　某日白细胞(中性粒细胞)与红细胞，遇见了收留迷路乳酸菌的一般细胞。为了将乳酸菌护送至同伴身边，白细胞(中性粒细胞)与一般细胞向肠道出发。　　然而他们却与来者不善的最强敌人重逢。　　「我和你们到底谁才是正义的一方，趁这次弄个清楚吧」　　再次现身的癌细胞。以及遭到坏菌破坏的肠内环境。　　体内遭遇前所未有的大危机！？　　「束手就擒吧 癌细胞！」　　为了守护这个世界，白细胞们(中性粒细胞)向赌上世界命运的大战发起挑战。

故事的发生，也就是在喜爱篮球的天童寺高中的王牌选手哀川和彦突然转学到实力并不怎么强的瑞穗高中开始的。和彦希望加入男子篮球队，可是球队因成员不足而面临被解散的命运。但由于他的实力与热情，终于蓝球队也重新活跃起来。他的鼓励和影响使得瑞穗高中的四位篮球选手重新审视了自己该走的道路，并一起开始前进。瑞穗男篮队终于燃起了斗志，进军县大赛。可惜经验与实力的差距，让惨败的他们有如一盘散沙。他们能再度站起来吗？由于他们的顾问老师，却是一心逼迫他们解散的条元老师，于是条元安排了一场比赛，条件就是如打输了，篮球社就得解散……　　但由于性格开朗的哀川和女篮一群美女的鼓励，男篮终于重拾信心，并在练习赛打败全国豪强成田中央高中……

　　本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。　　故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始......

東京奪還編、開戦。

東京奪還編、開戦。 　　謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 　　日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 　　彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 　　そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。