平成元年四月，辽西中学学生日高一平与对手（同时也是其好友）黑木凯争夺日本武道大赛冠军。比赛正进行到白热化之时，二人被一阵白光包围，同时消失。

一年战争已告一段落的三年后，基于地球联邦军重建计划而被提议的“高达开发计划”开始执行，其中的两台原型机RX-78GP01与RX-78GP02A为了实施性能测试而搬运至澳大利亚托林顿基地，但是吉恩残党查知此项计划，并且袭击该基地企图夺取装载有核弹的GP02A。曾经被称呼为“所罗门的恶梦”的吉恩军王牌机师阿纳贝尔•卡多少校（又译为阿纳贝鲁•卡图）成功的搭上了GP02A，但是在企图脱离的GP02A面前，新手测试驾驶员浦木宏驾驶了GP01拦阻，揭开了宇宙世纪0083年迪拉兹纷争的序幕。

年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。

1996年11月30日公開。全国松竹系劇場にて上映。出崎統監督作品。OVAシリーズの流れを汲む作品で、原作にはない劇場用オリジナルストーリーとして製作したもの。音楽はOVA版KARTE6より参加した川村栄二が担当、主題歌は山根麻衣『Invisible Love』。本作最大の特徴は、キャラクターも含めた作品そのものの米国風のデザインや、患者が血を吐くシーンや頭をぶつけるシーンなどに使われた、サーモグラフィー切り替えによる演出などである。当時の最新の技術を極限まで用いた演出と、出崎監督特有の「ハーモニー」や「陰影」、「入射光」などもあり、人間の「生死」や「苦悩」をリアルに演出している。なお、2005年末、手塚眞監督によって再び映画化された作品がブラック・ジャック ふたりの黒い医者であるが、内容は本作とは全くの別物。なお、前述の2005年度に公開された映画の予告に於いて「初の映画化」と謳っているうえ、一般的なイメージとしてはこちらの映画の方が強いために、本作のイメージは薄れつつある（※公式サイトの豆知識にメディア化作品が記載されているこの作品もそれに記載されているため否定しているわけではない）。ただしDVDレンタルはされているため見ることができる。セルDVDでの発売もされているが、こちらは在庫切れが相次いで入手困難の状況にある。　　公開当年の1996年の12月、秋田書店からフィルムコミックが発売されている。全2巻。（1巻：ISBN 4-253-17328-4、2巻：ISBN 4-253-17329-2）　　1999年末、よみうりテレビ･日本テレビ系列にて地上波TV放送された。　　2008年12月31日（23時45分 - 25時30分）TOKYO MXにての地上波局としては異例の、年を跨いでのアニメ作品放映という形で実施された。