《指挥官》的情节基于印度教史诗《摩诃婆罗多》中的角色卡纳 (Karna) 和杜尤丹 (Duryodhana) 之间的友谊。博吉节那天，十四岁的卡利亚尼独自生下一个男孩，由于担心社会强烈反对和无能力，将他遗弃在一辆行驶的货运列车中。一名贫民窟居民发现了这个婴儿，把他带回家，给他取名苏里亚并抚养他长大。孩子长大后就无法容忍不公正，尤其是对穷人的不公正，并想知道为什么他的亲生母亲抛弃了他。他母亲留下的唯一物品是她给他披上的黄色围巾。德瓦拉吉（Devaraj）是一个强大的黑帮，他心地善良，但令大多数人感到恐惧，他用暴力对抗不公正。苏里亚攻击并杀死了德瓦拉吉的助手拉玛纳。苏里亚因谋杀被捕，面临警方的残酷酷刑，但德瓦拉杰在察觉拉玛纳的重罪后保释了他，并意识到苏里亚的动机是真实的。拥有相同意识形态的苏里亚和德瓦拉杰逐渐相互理解。德瓦拉吉宣布苏里亚是他的塔拉帕蒂（指挥官）和最好的朋友。

亿万富豪（阿莫瑞什·普瑞 Amrish Puri 饰）派自己的侄子阿俊（沙鲁克·罕 Shahrukh Khan 饰）前往印度去寻找一位名叫刚加（马里昂·歌莉娅 Mahima Chaudhry 饰）的女孩，这个女孩和富豪的儿子拉加维（Apoorva Agnihotri 饰）定下了婚约，如今，履行这约定的时刻到来了。　　经历了一番波折，拉加维总算见到了自己未来的妻子刚加，但随着时间的推移，两人都发现他们彼此的价值观相去甚远。刚加是一个非常非常传统的印度姑娘，而拉加维的思想早就已经西化了。在阿俊的推波助澜下，刚加踏上了返回印度的旅途，在此过程中，两人之间的距离越来越近。

中国，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）与上海黑帮老大交易，对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义，欲灭琼斯之口。关键时刻，机灵小鬼豆丁（Jonathan Ke Quan饰）救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉（Kate Capshaw饰）。 　　由于三人乘坐的飞机失事，跳机后，乘着橡皮艇，他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸，庄稼尽毁，饥荒横行，民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪，并将“从天而降”的琼斯一行视为神灵的化身，他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。 　　魔宫果然充满古怪，统治者是个小屁孩，贵族们吃水蛭、巨蟒、甲虫、猴脑，皇宫内部更是机关重重，误打误撞间，他们目睹到血腥的邪教献祭仪式……这一仗注定艰苦异常！