在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」，第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」，这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」，所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。第三季的故事将讲述在前二季动画中，经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王，逢魔女王阿尔德拉被打败了，新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变，让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望，骑士公主安妮洛特便展开行动，与跟自己结成义姐妹的美斗士一起，扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开，喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。

佐佐木雪成（能登麻美子 配音）因为他女性化的外表和柔弱的个性常常遭到班上女生们的欺负，导致他患上了女生恐惧症，一旦有女生接触他，他的身上便会长出荨麻疹。一天，雪成回到家中，打开浴室的门，里面竟然站着他的邻居桐绘（斋藤千和 配音），两人在拉扯之间，桐绘将雪成推到了浴缸中，哪知道雪成就此穿越到了异世界中。　　在这个世界里，男性属于非常稀缺的资源，因此格外受到女性青睐，与此同时，雪成对这个世界的女性并不会发生过敏反应。活泼开朗对一切都充满了好奇心的米哈露（川澄绫子 配音）、患有男性恐惧症的可悠蜜（仓田雅世 配音）、娇小可爱的朵茉卡（斋藤彩夏 配音），这些女性都向雪成展开了行动。

巧克莉（松本真理香 配音）和香草（井端珠里 配音）是生活在魔界的两个活泼可爱的小魔女，她们其中的一人，将会成为下一任魔界女王，为此，两人之间展开了激烈的竞争。两个姑娘来到了人界，她们的任务是收集由人类心情凝结而成的结晶，数量更多着便能够赢得比赛获得女王的头衔。　　巧克莉个性开朗热情，将对付人类看成是小菜一碟，谁知道人界和魔界大相径庭，反倒是有些内向害羞的香草更受欢迎。某日，巧克莉邂逅了名为皮耶尔（小西大树 配音）的少年，从来不知真爱为何的巧克莉坠入了情网，这也就意味着她即将失去她的魔女之心。不仅如此，邪恶的欧葛尔人企图统治人魔两界，它们将打击的目标首先放在了巧克莉和香草的身上。

马上就要升为初中二年级的未来，在春假的夜晚发现天空中有神秘的物体掉到了附近的公园。”会不会是魔法师呢？“满心期待的未来，第二天一边欢欣雀跃，一边带着心爱的小熊去了公园。她发现骑着扫把浮在空中，自称里子的女孩，是个魔法师！里子声称是为了找寻物品而来到未来的世界的。而面对突然出现的邪恶魔法师，二人的挂件发出光芒，变身为传说中的光之美少女！

故事圍繞著四年一度召開的決定女王的賭命的武術格鬥會「QUEEN'S BLADE」，美少女們因為各種各樣的理由而參加這個武術格鬥會。　　依照建國以來的傳統，這個國家將由最強的女性支配。只要是12歲以上的女性，就算是其他國家的人，基至不是人類也無所謂，所有的女性都能夠參加。　　在競技會上，沒有任何規則，只是互相殘殺而已。是賭上自己的生命，用自己擅長的武器與殺人技巧進行比賽，直到另一方放棄比賽或者是不再能行動為止才算是結束本場比賽。　　參加「QUEEN'S BLADE」的女戰士們，等待她們的命運是女王的寶座、敗北的屈辱、還是死亡？