哲志和好朋友们因为准备文化祭而留在学校，他们七人玩起了讲鬼故事的游戏，不久老师带着哲志的妹妹来了，催他们回家。临走前，喜欢鬼故事的班长提议他们用咒符玩“幸福的幸子”，来祈祷他们七人友谊永存，永远在一起。然而当他们举行完仪式，奇怪的事情发生了，教室突然猛烈摇晃起来，一阵巨响后地面轰然坍塌，所有人都掉了进去。　　等他们醒来后，发现自己身处一个古旧的小学校舍里，这所废弃学校门窗紧闭，恐怖诡异。直美发现了昏迷的世以子，二人随后一起行动，企图离开这个可怕的校舍。但是更可怕的事情在后面等着她们，受害者一个个地出现。在这所名为“天神小学”的古老学校里，究竟是谁操控着这一切……

　　七濑武（宫野真守 配音）是一名看似十分淡漠，内心里也却是冷若冰霜的少年。曾经不堪回首的往事让他选择封闭自己的内心，不透露出丝毫的感情。虽然一直克制着自己的情绪，但七濑武又时时能够感受到内心里还在燃烧的火焰。一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央 配音）。　　让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后，七濑武的青梅竹马五十岛胡桃（濑户麻沙美 配音）、同班同学伊田一三（铃村健一 配音）和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。

苍月潮（畠中祐 配音）是一位身体瘦弱的平凡国中生，一次偶然中，潮在地下室里遇见了一只被封印长达五百年之久的妖怪，并于无意之中拔出了封印它的“兽茅”，使得妖怪重返人间。潮身上所爆发出来的惊人力量令妖怪震惊，它当即表示臣服于潮，于是，潮替妖怪取名“虎”（小山力也 配音）。　　成为了兽茅的继承人，潮的肩上负担起了斩妖除魔维护和平的使命，各路妖怪亦循迹而来，向他发出了挑战。在不断的合作和战斗之中，潮和虎之间结下了深厚的友谊，而两人亦被卷入了一个波及到整个世界的阴谋之中，而躲在兽茅背后的各路人马也一一出现在潮的身边。

故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。　　少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。

战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。 　　中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。 　　但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。 　　卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。