相传在我国古代曾有一个名叫秦宁的诸侯国。秦宁王连生三位公主，王位后继无人。奸臣吴贵伺机图谋篡位，大肆贪污水利款，扩充自己势力，导致洪水泛滥；他还利用百姓迷信、恐惧心理，串通国师装神弄鬼，嫁祸刚刚出生的三公主，说她是祸国殃民的灾星，要将她祭河神。护国公暗地保护，使三公主逃过一劫，自此流落民间。三公主被香山脚下宋药师收养长大，与宋药师的儿子宋多青梅竹马，互生爱意。不料宋母棒打鸳鸯，逼她离家出走。受尽磨难的她在护国公的帮助下恢复公主身份。她生性善良，体恤百姓疾苦，深得百姓拥戴。奸臣吴贵为达篡位目的，勾结外敌兴兵作乱，逼迫三公主嫁给自己的儿子。三公主为了平息战乱，让百姓过上太平日子，不惜大义赴死，留下了一段凄美的千古传奇。

在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。

九皇子景灏（郭晋安饰）天资聪敏，智慧过人，是众望所归的皇位继承人，也是皇上（寇振海饰）心中唯一的皇位继承人。一次偶然的机会，偷偷溜出皇宫的景灏在民间遇见了御史中丞柳苍山之女柳文香（曾宝仪饰）。琴棋书画样样精通的才女柳文香令景灏一见倾心，立誓非她不娶。传位大典已安排妥当，可就在此时景灏却被人暗算，成了傻子。怎料阴差阳错，皇上竟误会他喜欢礼部尚书之女王妃（万妮恩饰），无奈之下景灏只得迎娶刁钻任性的王妃，从此家无宁日。对柳文香念念不忘的景灏，在贴身丫鬟爱儿（何苗饰）指腹为婚的未婚夫李文虎（赵亮饰）的哄骗下，离开京城，与侍卫李浩（刘晓虎饰）开始了寻找柳文香之路。

《钟馗传说》由四个故事组成，分别为《降妖杀虎镇》、《公主三世情》、《除魔无情斩》、《天使也有恨》——《降妖杀虎镇》故事中，钟馗奉命下凡捉妖，却发现百姓心目中英勇清廉的捕快程门雪不仅被狼妖附身，而且疑似武大郎的后世；《公主三世情》讲述的是钟馗为保玉帝六公主和魔界鹏王子的三世情缘，时光穿梭到两人前世，上演了一段搞笑神话版的梁祝传说；《除魔无情斩》中，钟馗联合民间青天为苦命女伸冤，负心汉被铡后则变成了疯狂的驴头魔；《天使也有恨》讲述的是类似“窦娥冤”的故事，其实是冰雪女神为了复仇走上了不归路，导致人间六月飞雪。

本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。　　历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。