在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」，第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」，这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」，所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。第三季的故事将讲述在前二季动画中，经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王，逢魔女王阿尔德拉被打败了，新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变，让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望，骑士公主安妮洛特便展开行动，与跟自己结成义姐妹的美斗士一起，扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开，喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。

在一次偶然中，个性有些懦弱的善良男孩嘉和骑央（田村睦心 配音）遇见了一位长有猫耳和猫尾的奇特少女。少女自称爱丽丝（伊藤加奈惠 配音），此行来到地球为的是和日本政府联络感情，可是外表天真可爱性格又有些迷糊的爱丽丝却把大部分的时间都花在了游玩上面。 　　某些邪恶的神秘组织向爱丽丝发起了攻击，骑央责无旁贷的担负起了保护爱丽丝的重任。虽然爱丽丝本身就有着很强的战斗能力，又有机械猫护体，但在青梅竹马金武城真奈美（户松遥 配音）和同班同学双叶葵（花泽香菜 配音）的帮助下，骑央还是一次又一次的将爱丽丝救回于水火之中。这些袭击爱丽丝的人究竟是谁？他们又为何要对一个纯真少女发起攻击？这一切疑问都有待骑央亲手解开。

人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！　　让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——

这个世界上存在着异形之物，其姿态千变万化，即为“妖梦”，以除去妖梦为业的，即为异界士。本作主人公神原秋人（KENN 配音），看起来是个普通的高二男生，实际上是由人类和妖梦结合而诞生的“半妖”。拥有不死之身的他，于某个黄昏，在校园天台遇见一名想要跳楼的少女栗山未来（种田梨纱 配音），出乎意料的是，少女居然对他发起了攻击。原来，看起来是个普通新生的眼镜美少女，竟是一名能够操纵血的异界士。 　　拥有特殊能力的栗山未来，引起了异界士名门望族名濑家的注意。与秋人同为文艺部的名濑美月（茅原实里 配音）即是名濑家的次女，她嘱咐秋人远离栗山。肆虐的妖梦，孤独行走于世的异界士，以及罕有的半妖，在境界的彼方展开一个奇异的幻想故事。

平静的风吹过美丽的大地——阿斯特莱亚大陆。在大陆的某个角落，失去记忆的少年佑树醒了过来，照顾他的小小指引者可可萝、总是饿肚子的美少女剑士佩可莉姆、有一点冷酷的猫耳魔法少女凯露，在命运的指引下，他们创立了名为“美食殿堂”的公会。现在，佑树和她们的冒险揭幕了。