- 来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
- 延续TV版的主线剧情,继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。
- 故事发生在黑手党出没的意大利。表面上,“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院,但在背地里,他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练,经过改造的女孩们,成为了不折不扣的杀人兵器。其中,要数海瑞塔(南里侑香 配音)、莉可(三桥加奈子 配音)、崔耶拉(仙台惠理 配音)、克拉耶斯(小清水亚美 配音)和安琪莉可(寺门仁美 配音)五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手,但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。 少女们的敌人,是被称为“五共和国派”的恐怖组织,他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运,残酷的战斗中,处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。