- 被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年,面对拥有压倒性力量的敌人,地球军束手无策,火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战” 一年之后,为了夺回火星,民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号,召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首,她青梅竹马的朋友,身兼厨师和机师的天河名人,其他船员虽然各有所长,但人格和来历都有一点问题。 在战斗变得白热化之际,一个重大的真相被揭发了,敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术,玻色子跳跃的火星遗迹。 跟木连的和谈以失败告终,为了争夺火星的遗迹,NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了,到此为止,是地球跟木连战斗的历史,后来,地球和木连结盟,宇宙总算恢复和平,以上是TV版的剧情。
- 故事发生在黑手党出没的意大利。表面上,“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院,但在背地里,他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练,经过改造的女孩们,成为了不折不扣的杀人兵器。其中,要数海瑞塔(南里侑香 配音)、莉可(三桥加奈子 配音)、崔耶拉(仙台惠理 配音)、克拉耶斯(小清水亚美 配音)和安琪莉可(寺门仁美 配音)五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手,但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。 少女们的敌人,是被称为“五共和国派”的恐怖组织,他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运,残酷的战斗中,处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。