凹凸世界的创世神是一位很肆意随性的神明，他创造了凹凸世界的无数星球和人民，又随心所欲地统治着他们。同时他还设立了七神使，让他们代行神旨。

在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！

凹凸世界的创世神是一位很肆意随性的神明，他创造了凹凸世界的无数星球和人民，又随心所欲地统治着他们。同时他还设立了七神使，让他们代行神旨。 　　但是，创世神也不是完全不给他的子民机会——只要在“凹凸大赛”中获得最终的胜利，那么就能得到一切，并赐予你与“七神使”一样代神统治世界的权力。 　　然而，以上这些，都只是虚伪的表象。 　　这场比赛注定没有胜利者。直到，我们的主角——金，出现在了赛场上。

《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。