- 自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。 到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。 另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……
- 第一位公主的故事：「我和堂兄」 小學六年級的女孩度妍為參加外婆的葬禮暑假來到鄉下。忙亂的葬禮人群中，度妍見到了和本人同年的堂兄成俊。夏日的夜晚，大人們忙著殯葬事物，四處都是嗚咽的聲音。度妍和其他一些親戚孩子們被一同安顿在某房間休息。和度妍躺在一同的成俊拉著妹妹的手，告訴她本人很喜歡她。在之後一同度過的三天裡，度妍和堂兄一同游玩，既感到不安，又覺得新鮮刺激。最後一夜，在成俊的提議下，他們一同潛入空無一人的教室，模拟大人經歷了他們的初夜 第二位公主的故事：「冬眠」 年逾半百的婦人伊禮獨自經營著一個小規模的養鴨場。伊禮沒有丈夫、孩子，性格也略顯木訥，身邊独一的親人就是身患老年癡呆症的父親。父親病情嚴重，生活不能自理，全靠伊禮親力親為。屋漏偏逢連夜雨，養鴨場的鴨子又遭遇禽流感，養殖場經營狀況變得異常艱難。一天，神智混亂的父親把女兒的手放到了本人的下體，表情卻像孩子一樣無辜 第三位公主的故事：「叢林裡的睡公主」 在專門人士的布置下母親改嫁金姓韓國男子，十七歲的女兒秀珍也隨母親一同來到鄉下。在這裡，秀珍母女和金姓男子、男子的母親，以及男子侄兒真瑞組成了一個全新的家庭。但是，到來的第一天就發生了意想不到的事情。本來準備在祖母身旁睡下的秀珍忽然被繼父叫到房間，在其暴力施壓下失去了少女的貞潔。此後，在家人近乎殘酷的缄默下，秀珍不得不忍耐來自繼父的暴力性虐，還要承擔家裡的大小勞動。不久，秀珍驚覺本人懷孕，後因煤氣中毒暈倒在樹林裡，被真瑞發現。長久以來，秀珍不断對真瑞抱有好感，此時她也從他那裡的到了些許抚慰。秀珍再次回到家裡，繼父雖然沒有責備她，卻對她暴虐依舊，仍然對她实施殘酷的性虐，不久，真瑞手持利刀闖了進來
