本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。　　故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始......

出色的间谍“黄昏”化身为心理医生劳埃德·福杰，与拥有“读心术”的超能力女孩阿尼亚、杀手约尔组成各怀秘密但意外温馨的“伪装家庭”，在共同经历笑料百出的家庭闹剧后，将踏上第一次“家庭旅行”。然而，在愉快的旅途中，阿尼亚却发现了一个可能会撼动世界和平的“秘密”，令人措手不及的大危机事件来袭！世界的命运，又一次掌握在了这意外不断的临时一家人手中！

出色的间谍“黄昏”化身为心理医生劳埃德·福杰，与拥有“读心术”的超能力女孩阿尼亚、杀手约尔组成各怀秘密但意外温馨的“伪装家庭”，在共同经历笑料百出的家庭闹剧后，将踏上第一次“家庭旅行”。然而，在愉快的旅途中，阿尼亚却发现了一个可能会撼动世界和平的“秘密”，令人措手不及的大危机事件来袭！世界的命运，又一次掌握在了这意外不断的临时一家人手中！

　　多马（皆川纯子 配音）是生活在岛屿上的平凡的少年，吉德（小林希唯 配音）是自幼生长在孤儿院中的孤苦少年，两端看似一生都不会有交集的命运，却被一个名叫海尔嘉（河原木志穗 配音）的少女联系在了一起。为了遵循少女的愿望，两个少年将和她一起出逃，前去那个少女魂牵梦绕的地方。　　刑警库克斯（辻亲巴 配音）一直在调查一宗大量少年少女走失事件，在调查的过程中，一个叫做“贝佛鲁的孩子们”的群体出现在了他的眼前，他们白发，短命，在11岁时会集体死去，没有人知道他们为何而来又为何而死。然而这一次，由于海尔嘉一行人的参与，事件的真相即将揭晓。

　　一之濑宝太郎等人继续搜寻凯米，浮世英寿等人则再次面对出现的邪魔徒。突然，在他们面前出现了等级10的最强凯米——巫师X。由于他拥有不可思议的魔法之力，樱井景和等人变成了凯米的样子！更有同时出现5个等级10的最强凯米，以及和极狐一模一样的极狐凯米！对接二连三的异常事态感到困惑的宝太郎和英寿等人，还有化成凯米的景和等人，他们将各自组成队伍挑战【最强凯米捕获游戏】！