突然，受到从时空门出现的敌人袭击的宝太郎及其同伴们。被迫陷入苦战之中，察觉到敌人从未来传送过来…！为了守护现在与未来，宝太郎与凛音穿越时空前往荒废的未来。在那里的是昔日从困境中拯救宝太郎等人，掌握着故事的关键，“20年后的宝太郎”，假面骑士歌查德黎明骑士的身姿。

寻找101体〈Chemi〉！ 　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！ 　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！ 　　101张卡片进行形态变换！？ 　　高中生?一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。 　　围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！

　　一之濑宝太郎等人继续搜寻凯米，浮世英寿等人则再次面对出现的邪魔徒。突然，在他们面前出现了等级10的最强凯米——巫师X。由于他拥有不可思议的魔法之力，樱井景和等人变成了凯米的样子！更有同时出现5个等级10的最强凯米，以及和极狐一模一样的极狐凯米！对接二连三的异常事态感到困惑的宝太郎和英寿等人，还有化成凯米的景和等人，他们将各自组成队伍挑战【最强凯米捕获游戏】！