一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！　　与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……

运动万能、拥有正义感，在班上最受欢迎的美墨莎莎。成绩优秀，永远是班上的第一名，但其实有点天真的雪城乃香，两人同是就读菲诺奈学院女子中学部二年级的学生。某一天，莎莎和乃香各自遇见了不可思议的神奇生物美波和米波，他们由于故乡光之园遭到邪恶的攻击，因而逃到虹之园来。 　　然后，莎莎和乃香被美波和米波赋予神奇的力量，携手变身成光之美少女“Pretty Cure”。 　　性格和兴趣都完全相反的两个人将同心协力，和来自闇之领域的邪恶敌人展开战斗。