不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。　　可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。.

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

侯爵夫人梅特伊（格伦·克洛斯 Glenn Close 饰）和恶名昭彰的浮华浪子瓦尔蒙（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 饰）是两个在情场可互相匹敌的朋友，利用性当作武器，去抵毁对方的名誉与地位。一日，梅特伊提出让瓦尔蒙去勾引16岁的贵族少女塞西尔（乌玛·瑟曼 Uma Thurman 饰），使其失身从而身败名裂。而瓦尔蒙却认为这样太缺乏挑战，他非但引诱了纯洁的塞西尔。还追加赌注勾引虔诚、美貌素以贞节著称的杜维尔夫人（米歇尔·菲佛 Michelle Pfeiffer 饰）。最终杜维尔夫人投入了他的怀抱，而瓦尔蒙也渐渐真心爱上了杜维尔。梅特伊心生妒火，让自己的音乐教师兼新情人唐斯尼（基努·李维斯 Keanu Reeves 饰）替她报复，结果，瓦尔蒙在与唐斯尼决斗时死于剑下，杜维尔伤心致死，而梅特伊也因此名誉扫地。

泰德（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和比尔（亚历克斯·温特 Alex Winter 饰）是就读于同一所高中的同学，两人之间感情十分要好。也许，他们会如此一见如故的原因在于，两人的智商处在同一水平线上，没错，就是那条比别人都低的水平线。更糟糕的是，比尔和泰德在一起只晓得整日游手好闲，丝毫不将心思放在学习上，成绩可想而知。 　　历史考试在即，就在这个节骨眼上，泰德和比尔得知了一个惊天噩耗，如果不能通过这次考试，他们就将无法拿到毕业证书，一下子懵了的两人陷入了手足无措之中。就在此时，一位名叫鲁佛斯（乔治·卡林 George Carlin 饰）的天外来客出现在了他们面前，他自称来自未来世界。无论鲁佛斯所言是真是假，泰德和比尔明白，他是他们那道毕业证书的唯一一根救命稻草。

不久的未来，毒品泛滥已经失去控制，一种极易上瘾的非法药品“D药丸”在美国境内流行，政府当局只好利用高科技监视系统对抗失控的局面。卧底的缉毒探员弗瑞德（基努?里维斯 饰）化名巴布?亚特，试图追踪毒品来源，这样，他与小毒贩唐娜?霍桑（薇诺娜?瑞德饰）、吸毒者吉姆?贝芮斯（小罗伯特?唐尼饰）、厄尼?洛克曼（伍迪?哈里逊饰）、查尔斯?费克（罗瑞?考克兰饰）等人住在一起。但实际上，弗瑞德也被“D药丸”的毒瘾深深吸引。随着毒瘾越来越深，他逐渐模糊现实与虚假间的界线，失去神智的弗瑞德，不断追寻大毒枭的隐藏之处，毫不知情自己一直置身于幕后黑手的摆弄。