经过重重磨难，健四郎和尤莉亚终于迎来相聚的一刻，但是他们的时间所剩无几，在尤莉亚的请求下，健四郎开始讲述这些年来的故事：作为最强杀人拳——北斗之拳的唯一继承人，健四郎和爱人尤莉亚正准备展开新的生活。然而适值乱世，愚蠢的统治者亲手毁灭了原本的文明，活下来的人为了生存而选择暴力，杀戮成为当下的唯一准则。健四郎和尤莉亚遭遇南斗水鸟拳的阿殉，为了得到心爱的女人，阿殉不择手段，更在健四郎的胸口留下七个伤疤。痛失爱人，健四郎迎来生命的第一重磨难……　　本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主传说 北斗神拳》的第五部。

　　ガイナックスによる人気ロボットアニメの劇場版「天元突破グレンラガン／紅蓮篇」に続く第2弾。大グレン団は螺旋族王四天王を撃破し、王都テッペリンにて螺旋王ロージェノムとの壮絶な一騎打ちを制したシモン。王都攻略後、瞬く間に文明を構築した人類だったが、宇宙にまでその手を伸ばしたとき、正体不明の敵が現れる……。

2112年新人监视官常守朱和执行官狡噛慎也与以前发生的恶性案件的幕后黑手槙岛圣护相遇。槙岛圣护动摇了维持和平的系统的根基，质疑正义的存在。最后，狡啮对他执行了自己的正义，从此消失无踪……　　2116年，日本政府开始向战乱国输入“Sibyl系统”和无人驾驶机器人，企图让这个系统控制全世界。他们在处于内战状态的SEAUn(东南亚诸国)实验性地导入了Sibyl系统，令其治理下的水上都市“香巴拉弗洛特”短暂地得到了平稳和安定的生活。但是，SEAUn却向日本派出了恐怖分子。恐怖分子偷偷潜入香巴拉弗洛特，企图对中枢发动攻击。其中出现了某名男子的身影。刑事课一系的常守朱奉命前往香巴拉佛洛特进行调查。为这片新土地带来正义的真相。