日本室町时代中叶，当权的幕府威信锐减。野心勃勃的醍醐景光（中井贵一饰），为了成就霸业，而将尚未出生的儿子百鬼丸献祭给48个魔神，他和妖怪定下约定，取走了包括眼、耳、口、鼻等在内的48个器官。 　　一出生就缺少器官部位的百鬼丸，被抛入河中，后来为医生养父（原田芳雄饰）所救，替他制作了义眼、义肢等补足了身上缺失，并命名为百鬼丸（妻夫木聪饰），抚养他长大。为了摆脱自己被诅咒的命运，夺回身体的每一个部分，百鬼丸向占有自己器官的48个魔神宣战，离家踏上征战之旅。 　　在寻找魔神的旅途上，百鬼丸遇到了自称“侠盗”的多罗罗（柴崎幸饰），为了得到百鬼丸手中的宝剑，多罗罗跟随他一起踏上旅程。

1638年，因不堪饥荒和针对天主教徒的压迫，日本爆发了岛原之乱，德川幕府派遣十二万大军征讨，大败天草四郎时贞（洼冢洋介 饰）统率的岛原军，以妖术闻名的天草在临死前令幕府来将陷入狂乱。多年以后，德川家康的三子、当世将军的叔叔、有南海之龙之称的德川赖宣在打猎时遇见还魂归来的天草以及其侍女（麻生久美子 饰），天草怂恿赖宣用实力夺权，并向其展示了借用女性身体为媒介令死者复活的魔界转生之术。天草收集女性做为转生法术载体，将柳生一族拖入了此事，柳生十兵卫（佐藤浩市 饰）与天草复活的昔日同门荒木又右卫门恶战并斩断其一臂。天草将宝藏院胤舜、柳生但马守宗矩和宫本武藏等高手先后引入魔界，与柳生十兵卫展开连番搏杀……

　　未满12岁的加拿大女孩伊莉莎白，住在加拿大与美国边境附近的小镇。某天伊莉莎白突然得知自己不是父母的亲生女儿，而一些巧合让她认为，自己其实是乡村歌手Dolly Parton的孩子。于是伊莉莎白给Dolly Parton写信，并计划跨越边境去Dolly Parton的演唱会与其相见……

座头市在过一座悬桥的时候，无意中致使一老太太死亡。后来处于负疚之心，座头市去妓院把老太太的女儿赎了出来，而该女人的情人为了得到她，联合一干恶徒以该女子为要挟，刺穿座头市双手，最后在极其恶劣、残酷的情况下双手残疾的座头市杀了恶人军团。

法月弦之丞（山本耕史饰）斩断对千绘（早见朱莉饰）的情思，开始了剑术修行之旅。千绘的父亲甲贺世阿弥（中村嘉葎雄饰）受密令所托，为了寻找倒幕的歃血盟书《鸣门秘贴》而潜入阿波德岛，但从此销声匿迹。数年后，对剑道感到绝望的弦之丞以虚无僧之姿重归江户。完成与女盗回头网（野野澄花饰）、辻斩十夜孙兵卫（袴田吉彦饰）等人命运的邂逅的弦之丞，为了能与千绘再次相见而登门拜访世阿弥家。但此时自称首席弟子的旅川周马（武田真治饰）却声称千绘因抑郁之症，不想见任何人。