故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……

2013年，因为修学旅行而来到台湾的女高中生小椋汐，遭到了突然出现的怪兽“进化侵略体”的袭击。在军队完全没用的时候，谜之男子们出现在面前，他们是超国家机关“DOGOO”的代理人，继承了“伟人之魂”，并将这股力量用之战斗的“E遗传子持有者”。终于，在友人面临危机之际，小椋汐身上的“伟人之魂”也觉醒了...

　　转学到远处高中的金泽伸明，由于在之前的学校经历过的某件事，而对于与同班同学亲密相处感到恐惧，封锁了自己的内心，但他以体育祭上的班级对抗接力赛为契机，开始和同学们变得融洽起来。　　此时，同班同学全员的手机收到了一封自称为“国王”之人所发送的邮件。同班同学们认为这只是单纯的恶作剧而并没当回事，但只有伸明知道此事的含义，并对于要面对即将开始的“死亡”游戏感到内心纠葛……

30名男女出于兴趣而参加了一个可疑的巴士旅游。旅游的目的地是名为纳鸣村的、无法确定其存在的奇幻村庄。根据都市传说，“纳鸣村”里面可以让人享受如同乌托邦一样的生活。　　对于现实的世界绝望……想要从无聊的日常中脱身……想要人生重新来过……这30个人带着各自的思绪和心灵创伤，坐着巴士进入了深山之中……　　而当他们来到目的地后，发现这儿是已经腐朽、稍微有一点点人气的无人部落。那么追逐着30人的、“纳鸣村”的真相是？不要错过任何一集！这种一个谜团接一个谜团的展开

在一次机缘巧合之下，和妹妹天奈（三泽纱千香 配音） 相依为命的杰（铃木达央 配音）穿越到了100年后的世界，杰震惊的发现，100后的他们曾经的宅邸，变成了一所学校。就这样，杰隐姓埋名改名为神宫司高马，开始在学校中一边学习，一边寻找回到过去世界的方法。　　在学校里，杰很快就结识了一帮好友。以自我为中心，谁也不放在眼里的大少爷藤代悠希（KENN 配音）、拥有可爱外表，并常常利用自己的可爱来操纵他人的青叶萤（永冢拓马 配音）、智商和人气都很高，但始终不会以真心待人的绯樱春人（丰永利行 配音）、拥有着和福尔摩斯一样的好奇心的茶野京一（小林千晃 配音）。