菜穗（花泽香菜 配音）是一名普通的高中二年级女生，过着波澜不惊的平淡生活。一天，菜穗收到了一封神秘的信件，寄件人竟然是10年后的自己，10年后的菜穗声称自己的生命中发生了无法挽回的巨大遗憾，为了弥补这个遗憾所以才寄出了这封穿越了时空的信件。　　刚开始，菜穗只是将这封信当成是一个恶作剧，但第二天，信中所提及的那个叫做成濑翔（山下诚一郎 配音）的男生竟然真的转学到了菜穗的班上，按照信里所说，菜穗将会喜欢上翔，而翔则会在17岁那年的冬天死于非命。菜穗该怎样做才能够避免这一悲剧的发生呢？

　　由于违反了宿舍规定而被逐出住所的神田空太（松冈祯丞 配音）带着自己的爱猫流落在街头，不得已，他只能够住进了人称“问题学生集中营”的老旧宿舍——樱花庄。果然，接二连三出现的怪人让空太更加确信了流言的可信度，但在相处的同时，空太也发现，虽然身为问题学生，但樱花庄稀奇古怪的住 客们其实都有着天真和善良的心地。　　202号房的椎名真白（茅野爱衣 配音）梦想着成为一名漫画家，只能画一手好原画的她一直都苦于剧情的构思。201号房的上井草美咲（高森奈津美 配音）由于过于专注于动画的制作，而被认为浪费了画漫画的才能。103号房的三鹰仁（樱井孝宏 配音）在女性之间有着极高的人气。203号房的青山七海（中津真莉子 配音）以其过于执拗的性格荣幸成为了整个樱花庄最正常的一员。在这些怪人的围绕下，空太和猫咪们的崭新生活开始了。

20世纪末，15岁的少年榊原恒一（阿部敦 配音）由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子（宮牧美沙代 配音）家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某晚，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着水手服、左眼戴着眼罩但阴气逼人的美少女，这似乎预示着一段不平凡生活的开始。病愈出院，恒一顺利转入夜见山北中学3年3班，同学们热情亲和，可是似乎对他隐藏着什么秘密，而且他也再次看见医院的那名眼罩女孩——同班同学见崎鸣（高森奈津美 配音）。当他尝试接近见崎时，殊不知自己已经无意间掣动了死亡的闸门……　　本片根据名本格派推理小说家绫辻行人的原著及经清原纮漫画化的原著改编。

故事发生在一个虚构的奇幻世界之中，在这里，人类不再被局限于陆地之上，而是可以自由的翱翔在天空中。地域的不受限促使一种名为“飞翔马戏团”的运动诞生了。少年日向晶也（逢坂良太 配音）曾经是这一领域内的种子选手，被寄予厚望，然而，在一次惨败之后，晶也彻底放弃了梦想和希望，之后一直都过着浑浑噩噩的生活。 　　一次偶然中，晶也和一位名为仓科明日香（福圆美里 配音）的转校生相遇了，在明日香的引导和鼓励之下，晶也对于飞翔马戏团运动的热情被重新点燃。然而，他离开赛场已经太久了，再度回到舞台的中心，他能否恢复曾经的强劲实力呢？

女神异闻录3 剧场版 第二章 仲夏骑士之梦