前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

第三期 银河　　时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？　　此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。　　除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。　　目前新生闪电日本队没有板凳成员。　　在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。

最近有一直没有在动的肌肉吗？通过动画一起愉快地运动，流下痛快的汗水吧！　　比前一期更上一层楼的锻炼种目满载！任性而又怕寂寞的新角色出海樱也将登场！　　以偶像为目标的5人 1人的可爱角色们和你一起锻炼，令人在意的体脂肪率再加一季度下降10000%……！？

1274年，秋。　　一艘流放船在暴风雨中驶向对马。目的地是流放地对马。御家人宗助国的女儿－辉日姬在对马迎接了流放船。　　之后举行了接风宴，而在宴席上，流人们知道了一件可怕的事。从高丽出发的蒙古高丽大军，正向日本前来，而这些流人们，就将被送上战争的最前线，成为守护对马的军队人员。　　“为了对马，请你们牺牲吧”辉日姬冷漠地对流人们说

少女们投身战斗 为了重要的同伴！　　一直在相互争斗、来自5个异世界的来访者「ZX」缔结了休战条约，人类因此回避了灭亡的危机。　　主人公·各务原安昙接受青之世界的命令，与成为其搭档的ZX·利盖尔一同前往新设的女子学校「富士御崎学园」。　　在这所学园中，她们究竟会遭逢怎样的「命运」？