2018年9月 —— 平凡的高中生们正在为各自的前途奋战。　　明光院景都正为了梦想的柔道金牌而努力，然而，他在比赛中受伤，从此再难踏上柔道选手之路。明光院心灰意冷之时，神秘的青年突然出现并拿出手表及驱动器……　　此外，班级里也突然来了一位名为海东大树的转学生……　　错综复杂的阴谋，层层交叠的陷阱。等待着明光院、庄吾还有月读的，究竟是什么样的未来

时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。　　但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。

遥远的，遥远的，时空的彼方。　　宇宙里有一群自称为“黄金一族”的人。　　创造星群、拥有预知未来能力的他们，向其他还没有成熟的种族发出了呼唤：“启程吧！从自己的母星，到宇宙去……”。　　三个种族回应了他们的呼唤。　　黄金族把他们分别称为：白银族、青铜族、英雄族。　　当黄金族决定离开这个宇宙，到另一个宇宙去时，出现了新的回应者——靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。　　黄金族把他们称为“黑铁族”。

高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静 配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。　　在打工的过程中，四月一日君寻接触了一系列与愿望有关的事件，他发现，这个世上有好的愿望，有坏的愿望，有单纯的愿望，却也有无论如何努力都无法达成的愿望。人性、命运、必然、偶然，这一切都在店主壹原郁子的掌控之中。

鮎沢美咲（藤村歩 配音）是一个个性十分好强的女生，童年悲惨的遭遇让她彻底对男性失去了信任感，和妈妈与妹妹一起的生活又使得美咲必须担负起男孩子的责任，长此以往，在他人眼中，美咲无疑拥有着十分不可爱的性格。在星华高中就读的美咲有幸成为了史上第一位女性学生会会长，在为此感到自豪的同时，来自于各个方面的压力接踵而至。 　　为了补贴家用，美咲不得不在女仆咖啡馆里打工，自己穿女仆装的样子若被同学发现，岂不是要威严扫地？不巧的是，同校的碓冰拓海（冈本信彦 配音）就发现了美咲的秘密。可是，拓海并没有嘲笑美咲，正相反，美咲的好几次危急时刻，都亏得拓海的出手相助才得以过关。久而久之，美咲对拓海产生了好感，拓海也为美咲坚强的个性所吸引，一段校园佳话即将展开。