20世纪，人类和被称作monster的生物们之间发生了一场很大的战争。这场激烈的令人无法想象的战争最后以monster一方的胜利告终。随着时间的流逝，人们逐渐忘记了这件事，迎来了新世纪。一日，过着无聊的高中生活的主人公，少年ボッカ面前出现了一名曾与怪物作战的战士——黑船，“你们为什么会忘记了这个旋律！”......　　原作GJK　企画GAINAX　　監督錦織 博　構成・脚本榎戸洋司　キャラクターデザイン長谷川眞也　　モンスターデザイン出渕 裕　メカデザイン吉成 曜・宮尾佳和　　アイバーマシンコンセプト貞本義行　コンセプトデザイン片倉真二　　アニメーション制作J.C.STAFF

故事发生在风景秀丽民风淳朴的流川市，宇佐美奈奈子（伊藤美来 配音）是生活在那里的一名平凡的女高中生。市里新建的游泳池即将完工开门营业，奈奈子和朋友们越好到时候一起去玩。奈奈子想要一件新的泳装，无奈价格昂贵她只能向妈妈求助，然而妈妈却拒绝了奈奈子的请求，一时之间，奈奈子感到无计可施。　　就在这个节骨眼上，在市政厅工作的奈奈子的叔叔太田（室园丈裕 配音）替奈奈子找了一份工作，奈奈子可以用打工赚来的钱去买泳衣了！就这样，在误打误撞之中，奈奈子竟然成为了流川市的当地偶像，并以此身份开始了一系列的宣传表演活动。

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

　　铁剑（高山南 配音）奉父之命潜心钻研剑道，在比赛场上遇见了一生的宿敌鬼丸猛（堀川亮 配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，得到了绝世珍宝风神剑。这边厢，铁剑亦得到了同样拥有强大力量的雷神剑，鬼丸猛一心想要夺走雷神剑，实现自己双剑合璧统治地球的野心，然而却总是不敌铁剑。　　在彻底粉碎了鬼丸猛的阴谋之后，铁剑和一干好友踏上了寻找龙珠的旅途，贼心不死的鬼丸猛自然要从中作梗，派出剑客，阻挠铁剑的队伍。最终，铁剑完成了目标，召唤出了神龙，哪知道神龙的出现使沉寂多年的香姬（深见梨加 配音）横空出世，世界再度落入了危险之中。

在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 　　园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……