由于混血的外貌和金色的头发，个性其实十分善良的少年羽濑川小鹰（木村良平 配音）成为了众人孤立的对象，这让他十分的苦恼。同样的，脸色难看个性孤僻的少女三日月夜空（井上麻里奈 配音）也只能在课后和自己幻想中的朋友有说有笑。这样两个孤独的人相遇了，一个专门为了交朋友而成立的社团“邻人社”应运而生。　　没想到，社团一经成立，居然招来了诸多个性奇怪的美少女——喜欢玩美少女游戏的美少女柏崎星奈（伊藤加奈惠 配音），外表是妹子实则是爷们的楠辛村（山本希望 配音），超级高智商少女志熊理科（福圆美里 配音），中二病重度患者羽濑川小鸠（花泽香菜）等等。这些没有朋友的家伙们聚在一起，居然也在不知不觉中交到了许多的朋友呢。

在真田光一（日野聪 配音）的眼中，星乃结美（小清水亚美 配音）是女神一样完美的存在，她羞涩的性格和安静的个性都让他为之倾倒，但是光一明白，他和结美之间，隔着十分遥远的距离。少女水泽摩央（池泽春菜 配音）的出现打乱了光一平静的生活，这个光一曾经的青梅竹马，如今已经出落成了亭亭玉立的大姑娘，一时间，光一无法习惯。　　与此同时，光一的好友相原一辉（水岛大宙 配音）也遇到了恋爱的烦恼，当他发现无论如何也挥洒不去脑海中二见瑛理子（田中理惠 配音）的身影时，爱神的箭已经射穿了他的心房。足球少女咲野明日夏（广桥凉 配音）将这一切都看在眼里，但执拗的她无法收回对一辉的感情。在辉日南高校中，甜蜜中伴有苦涩的爱情喜剧即将上演。

身为高中数学老师的犬冢公平（中村悠一 配音）的妻子去世，留下五岁的女儿犬冢䌷希（远藤璃菜 配音）的父亲相依为命。善良而又负责的公平细心的呵护着女儿，却独独在做饭这件事情上力不从心，父女两人只得用外卖来应付一日三餐。

真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场，真道所乘坐的客机正准备起飞时，空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化，并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。　　从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳，试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道，接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面，日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人？而他的目标又是什么？

电视动画系列《水星领航员》改编自日本漫画家天野梢原作的同名漫画。电视动画共3期，另有1部OVA。第二期于2006年4月2日至9月24日播放，共26集。这是一部把水星（阿库阿）的观光城市新威尼斯作为故事舞台，描写一群心怀梦想的美丽少女的动画片。人们把这儿的女导游亲切地称呼为“水星领航员”，她们划着小船带领游客们领略异域美景。天真烂漫的15岁半熟手水灯无里，怀着成为一名“水星领航员”的梦想，来到这里……