上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……

　　无论遇到什么疑难杂症、什么艰难险阻，堂上综合医院的外科医生相良浩介（泽村一树 饰）及其团队都迎难而上，永不言败，想方设法解脱患者的痛苦。与之相对，自从森山卓（高岛政伸 饰）执掌院长大印以来，堂上医院的上空就笼罩着挥之不去的阴云。他为自己改革所取得的“成就”沾沾自喜，为接二连三成功打压相良而得意万分，却罔顾医院不断下滑的口碑和效益。休假归来的前院长（野际阳子 饰）发现堂上医院当前的现状，强势插手改革，谁知反遭森山的强烈反对。　　是为了利益？还是出于责任？白衣天使能否再次扇动染满污渍的翅膀，遨游长空……

NBC宣布续订《黑名单》第五季。