江户时代，天下太平，只有人性之恶在蠢蠢欲动。岩本虎眼（加藤精三 配音）是被称为“绝世剑士”的优秀剑客，他的道场也成为了天下习剑之人梦寐以求的圣地。在道场中，有两个人的名字不得不提，一个是自幼被虎眼捡来抚养成人的藤木源之助（浪川大辅 配音），同时，他也是最有希望成为道场继 承人的人选。另一个，则是半路杀出的伊良子清玄（佐佐木望 配音），虽然他的资历尚浅，但其优越的武术才能使他成为了源之助的强劲对手，虎眼的女儿岩本三重（桑岛法子）亦对他有着深深的爱慕。　　这时，一个邪恶的命令被传达了，本来应使用木剑进行的御前比试，被改为了使用真剑。只要能在御前比试中夺得头筹，即可享有无上的荣耀。本来就暗中较劲的藤木源之助和伊良子清玄，他们之间血与肉的厮杀即将展开。

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

在老家的餐饮店“幸平餐馆”一边帮忙下厨一边磨炼厨艺的幸平创真，前往超级精英料理学校“远月茶寮料理学园”入学。幸平创真在学园中与各式各样的料理人相遇并不断成长着，同时也开始摸索“只属于自己的料理”。　　幸平创真在真实餐厅学习的“在职料理课程”中进一步积累了经验，突破了以往的自己，习得了新的料理，成功完成了课程并且迎来了新的成长。　　实地研修结束后，幸平创真在不断练习厨艺中度过每一天，并终于在“赏红叶会”向学园的顶点远月十杰发起了挑战。　　创真和远月十杰盯上了远月例行的学园祭“月飨祭”，每年有50万客人造访的怪物活动，他们会发生什么事？　　另一方面，背后一些人在悄然实施着计划――？创真新的战斗拉开了序幕！

故事发生在由德川幕府统治的江户时代，设定中，胸部的尺寸成为了定夺一切的标准，胸大则成王，胸小为败寇。因此，拥有着祖传的可以使胸部增大的秘传书的魔乳一族，其手中才真正掌控着一切的生杀大权，家族中的长老魔乳胸侧（斧敦志 配音）更是以其高超的剑术闻名于江湖之中。作为魔乳家的小女儿，魔乳千房（寿美菜子 配音）一直都对魔乳家女性的悲惨命运深感不平，她本人更是发誓，不被家族的命运所掌控。　　魔乳家代代相传的秘传书被窃了，小偷不是别人，正是家族继承人千房本人。一石激起千层浪，在利用秘传书帮助广大女性的同时，千房还要面对从各路聚集而来的，对秘传书心怀不轨的忍者刺客。同时，魔乳家族也部下了天罗地网，誓要捕获她这个叛逃者。

地球已经很久没有遭受怪兽的侵害了，似乎恢复了和平。　　人类将目光进一步转向宇宙，因此对抗怪兽灾难的队伍规模也在逐步缩小。　　而就在这时，神秘宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击。地球与宇宙的联系被斩断，变成了“孤独的行星”。　　斯菲亚的恶魔之手也逼近了主角明日见奏大的日常生活，它不停地制造着破坏，最终从漂浮体变成了巨大的形态……　　奏大不顾危险、勇敢地挑战敌人，终于变身成德凯奥特曼。　　“就是现在，上吧！”　　奏大手握德凯奥特曼的“光”，为了保护昔日的和平奋勇迎战。　　为了对抗斯菲亚，新精英队“GUTS-SELECT”重新建立。奏大作为新“精英胜利队”的新队员，与年轻的伙伴们一起对抗巨大的敌人！