被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战”　　一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。　　在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。　　跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。

160年，掌握了恒星飞行技术的人类开始了星际移民，行星改造技术也随之兴起。CRUSHER其实就是宇宙便利屋，接受各种各样的委托，主角JOE在度假的时候接受了来自基利斯的营救囚犯的委托，其实这是基利斯独裁政府的阴谋，主角四人组必须力挽狂澜，解除宇宙的危机………

　　已经是第二次报考东大的景太郎（上田佑司 配音）又失败了，而他记忆中的青梅竹马此刻或许就在东大里等待着他来完成童年的约定。因此，景太郎的第三次东大征程决定了。由于家人的反对，景太郎忍痛离家出走。景太郎的外婆经营着一家名叫“雏田庄”的旅馆，这就是景太郎此次投奔的目的地，但是他不知道，此时的雏田庄已经成为了女生专用的宿舍，而他的第一次光临，就撞见了一丝不挂的住宿生成奈川奈留（堀江由衣 配音），从而引出了一个有笑有泪的爱情故事。　　在莫名其妙的状况下，景太郎成为了雏田庄的主人，而他所要面对的，是数十个“如狼似虎”的年轻女性。在应付她们的同时，景太郎还要保证自己“东大学生”的伪装不被拆穿，景太郎觉得，他和那个在东大等他的女孩之间的距离似乎越来越远了……

　　在传说中，有一群自称为“CODE BREAKER”的超能力者，在偌大的都市里，他们运用着自己的能力，对那些钻了法律空子的罪人们进行法外的制裁。有人说他们是行侠仗义的正义伙伴，有人说他们是穷凶极恶的暴虐之徒，但真正见过他们身影的人却寥寥无几，有着黑社会背景的大小姐樱小路樱（日笠阳子 配音）正巧就是其中的一员。　　法外制裁者的身份必须绝对保密，于是，对于樱的灭口行动展开了。没想到，樱也是超能力者，并且是能够将所有超能力都无效化的超级稀有品种。于是，樱和这些超能力者的特殊生活开始了。在解决事件的过程中，樱对于正义和法律的信念开始动摇，同时，她的神秘身世慢慢的浮出了水面。此外，她和法外制裁者之一的大神零（冈本信彦 配音）之间也产生了微妙的感情。

　　故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪（水濑祈 配音）天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃（小泽亚李 配音）踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里（市道真央 配音）温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪（高桥李依 配音）外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。　　空无一人的校园，破败不堪的教室，四处游走的行尸，究竟哪一个是幻想，哪一个是真实？巨大的灾难面前，少女们将恐惧化作力量，尽各自的所能，目的只有一个，那就是活得更久，更快乐。