伊恩·格雷是一名分子生物学在读博士，专攻眼睛的进化。在一个聚会上，他邂逅了一位神秘的面具女郎，凭着记忆里女孩美丽动人的眼睛，他找到了她，两人陷入爱河。尽管两人对于生活的基本信条完全不同，但却丝毫未影响感情。多年后，伊恩和他的实验搭档凯伦有了一次具有深远意义的发现，他必须要离开家人，穿越世界各地去找寻这项新发现的意义。

自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 　　本片为同名美剧的第二部剧场版。

　　年青作家拖马斯在某次与女友发生争执后愤然离家，孰料他的车竟撞上一个小孩，小孩当场死亡。意外让拖马斯的人生发生了天翻地覆的改变，他努力接受现实继续生活，却无法摆脱事故给他带来的冲击与创伤……

旧金山女强人律师克莱尔?库比克（阿什莉?贾德 Ashley Judd 饰）的丈夫汤姆?库比克（詹姆斯?卡维泽 James Caviezel 饰）突然被FBI抓走，送往洛杉矶附近的军事法庭秘密受审，罪名则是在服役时于萨尔瓦多杀害9名平民。震惊的克莱尔不顾一切丢下工作来到洛杉矶，雇佣了当地军事法庭律师查尔斯?格瑞姆斯（摩根?弗里曼 Morgan Freeman 饰），共同与军方指派的年轻辩护律师中尉恩布里（亚当?斯科特 Adam Scott 饰）一起为汤姆辩护。三人的调查取证遭到军方层层阻隔，甚至克莱尔的人身安全也遭严重威胁。坚信丈夫无罪的克莱尔与格瑞姆斯竭尽全力，却发现案件背后真相的复杂度远远超过了众人的想象……

Marty（柯林·法瑞尔 Colin Farrell 饰）是一个爱喝酒的电影编剧，他的好友Billy（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 饰）则和Hans（克里斯托弗·沃肯 Christopher Walken饰）靠偷狗然后把狗还回给失主来赚钱。Marty近期在写 一个叫《七个神经病》的剧本，却没有什么灵感，于是Billy给他提供了一些素材。有一个神经病是一个杀手，每次杀完人都会扔下一张J扑克牌，有一个越南的复仇者，有一个自刎的贵格教徒....Billy偷了一条狗，这条狗是一个黑帮老大Charlie（伍迪·哈里森 Woody Harrelson 饰）的爱犬。Charlie丢了他视如生命的狗，到处在寻找。他找到了Hans住院的妻子并杀害了她。Billy知道这件事后，愤怒的将他的情人杀害，而她也是Charlie的情人，随后Billy扔下了一张扑克牌...