KERORO剧场版5周年纪念，《超剧场版KERORO军曹 诞生！究极KERORO 奇迹的时空岛》即将启动！在KERORO最新剧场版中，将有阳光海滩、可爱的精灵，神秘的双胞胎和最凶邪灵登场，KERORO军曹将变身究极形态展开前所未有的超级大战。实力派歌手平原绫香也将为本作倾情献声。 　　一日，冬树收到了一个和KERORO一模一样的石像，为了解开这个秘密，KERORO和冬树开始了前所未有的大冒险……

　　平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。　　魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....

故事发生在七森中学中，茶道社因为人气不佳最终面临闭社的悲惨命运，单纯天真懵懂无知的赤座灯里（三上枝织 配音）、开朗热情的暴走少女岁纳京子（大坪由佳 配音）、沉默寡言但却是吐槽担当的船见结衣（津田美波 配音）和看似可爱人畜无害实则十分腹黑的吉川千夏（大久保瑠美 配音）四名女生占据了茶道社的活动教室，在这里另起炉灶成立了娱乐部。故事的序幕就此拉开。 　　娱乐部的存在竟然引起了学生会的注意，身世神秘的会长松本理世（后藤沙绪里 配音）和傲娇不坦率的副会长杉浦绫乃（藤田咲 配音）的介入让本来就热闹的社团生活增添了一份欢乐。

宫藤芳佳加入了人类防线“第501统合战斗航空团”！……但关键的敌人·涅洛伊却迟迟不来，众人过着并非战斗而是忙于炊事洗衣的每一天。一边被充满个性的队员们折腾得团团转，时而吐槽时而响应，芳佳与愉快的魔女们怪怪的日常开始了！