1989年，日本。　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

1983年，受到异星起源种·BETA侵略的东德，被拖入了令人绝望的消耗战中。 　　在这样的战况中，テオドール·エーベルバッハ少尉所属于被称作东德最强部队的第666战术机中队“黑之宣告”，他不相信祖国与他人，只为了自己能够生存下来而作为卫士投身于战斗中。 　　有一次テオドール为了拯救在战场中孤立无援的战术机而和中队长アイリスディーナ·ベルンハルト大尉一同出击。 　　但是当得知救出来的卫士是西德军的カティア·ヴァルトハイム少尉的时候，アイリスディーナ不禁露出了惊讶的表情。 　　据カティア交代，她是为了亡命到东德而越过国境线，并提出希望加入第666中队。 　　中队的随军政治将校グレーテル·イェッケルン中尉虽一再进言此举将会引起支配东德的国家保安省的注意，但アイリスディーナ依然批准了カティナ的编入，并任命テオドール对她进行教育。 　　不想被国家保安省盯上的テオドール追问カティア亡命...

　　21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

“我与你一同飞向天空。”　　甘粕桧曾根，是最近开始在航空自卫队岐阜基地任职的新人。　　过于率直而总是无意识地伤害他人，对此感到疲惫不堪的她，选择成为任期限定的自卫官。　　但，命运的邂逅彻底改变了她的人生。　　被秘藏在基地中、伪装成战斗机的龙选中了桧曾根，并和她一起飞向天空。　　就这样，搭乘“OTF（变态飞翔生命体）”的飞行要员，　　成为了桧曾根的工作。　　甚至能左右国家命运的龙，　　究竟隐藏着怎样的秘密呢……。

《想要成为这样》、《想要尝试看看这样的事情》、《想要去一个不同于现在的地方》，许多人在青春期的时候肯定都有过这种想法，但是一但将这些想法具现化之后，一切就都走样了…　　在《永远之永恒》的故事中，少年与少女们的超能力忽然间觉醒，渴望力量的少年得到了《强大的能力》、想要变漂亮的少女得到了《变身能力》、憎恨着谁的人则获得了《杀戮的能力》。被力量所吸引的少年们，逐渐被吞噬、到最后就会成为怪物，只为了实现自己欲望而诞生的怪物。　　而追捕着这些怪物的正是负责守护秩序的机械犬们，在这些机械化的战士面前出现的，是异形般的怪物。度过了数不清的日夜，这些少年少女们的战斗似乎永远不会完结般的持续着……　　剧场版动画《永远之永恒》是由BONES担纲制作，分为六集的作品预定将自2011年6月18日起于日本上映。