高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。女卧底阿钉（佘诗曼 饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇 饰）的指挥下，她尝试与这名神秘卧底进行接触。另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉 饰）和邵志朗（古天乐 饰）联手袭击了竞争对手。这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。　　经过几番试探，阿钉终于与神秘卧底接头，可是莫大的危险也向她奔涌袭来……

　　廉政公署收到报案人廖雨萍（周秀娜饰）的实名举报，举报正在坐牢的富二代曹元元（林峯饰）涉嫌行贿监狱里的监督沈济全（谭耀文饰）以及惩教员，首席调查主任陆志廉（古天乐饰）决定深入虎穴，卧底狱中。在监狱里，被陆志廉送入监狱的前警司黄文彬（林家栋饰）以及曹元元两大帮派势成水火，陆志廉趁机接近曹元元取得信任。同时监狱外的廉政公署总调查主任程德明（郑嘉颖饰）、国内反贪局行动处处长洪亮（丁海峰饰）也陆港联手，通力合作，最终成功破获贪腐行贿大案。

香港警察李忠志（古天乐 饰）得知女儿芝（陈汉娜 饰）于泰国旅游间莫名失踪，即亲赴泰国报警求助。负责案件的华人探员崔杰（吴樾 饰），应允让他一同调查，却想不到李忠志利用媒体呼吁市民提供线索。 一条意外拍下芝被捉走的片段上载至警方网站，却被神秘删除。崔杰即连同好友兼同袍Tak（托尼·贾 饰）同赴寻找片主，却遇神秘人马截足灭证，狭路相逢，展开追截并与之搏斗。李忠志与崔杰两人逐步调查，却发现案中有案，并开始意识凶手背后神秘势力非他们能对付……

香港卧底探员志杰（吴京饰）不惜变成瘾君子，潜伏犯罪集团侦查幕后主脑洪先生（古天乐饰）；直属上司兼叔父华哥（任达华饰）决定终止行动，志杰却身份败露且人间蒸发。华哥违抗命令私自搜寻，辗转得悉志杰已被关进泰国某监狱，遂只身前赴营救。泰国警察阿猜（托尼·贾饰）为筹钱医治患血癌的女儿转任狱警，负责看管志杰。志杰与阿猜语言不通、身份对立，却竟是唯一可拯救阿猜女儿的骨髓捐赠者，阿猜必须保住志杰的性命；但狱长（张晋饰）为确保幕后交易运作正常，必须铲除志杰。身体虚弱的洪先生带同胞弟（恭硕良饰）突然出现，准备进行心脏移植手术自救；原来整个监狱是洪先生操控的活人体器官供应市场……

在IPSC实战射击赛中，警员庄子维（吴彦祖饰）打破了赛会纪录，但新纪录很快被香港基金经理关友博（古天乐饰）改写，后者夺魁。赛后，关友博巧遇蒙面歹徒打劫解款车，解款员被歹徒打死。此时，一个交通警（连凯饰）路过，被歹徒打伤。为救人，关友博击毙了4名劫匪，并报警。另一歹徒落荒而逃，同时4亿美元债券遭抢。交警获救，护理他的是关友博的女友婷婷（蔡卓妍饰）。因非法持枪伤人，关友博被拘。庄子维审问时发现对方超常冷静，面对检方控诉，关友博沉着应对，结果当庭获释。女上司邵安娜（李冰冰饰）接他回家，但他对她的殷勤并不领情。关友博的账户存在资金周转问题，他正想方设法拖延还款时间。庄子维在查案中毫无头绪，于是请教苗警官（方中信饰），从对话中，他似乎嗅到了关键性的线索……