何督察是扫毒组的女探员，为人英勇，负责追查龙四集团的犯罪证据。在龙四寿宴上，一日本女子乔装侍应大开杀戒，欲杀龙四。龙四义子丁少爷的未婚妻Jessica原来是美国中央情报局派来的卧底，也要搜集龙四的犯罪证据。龙四发现她的身份后派人追杀她，幸好她已有足够证据起诉龙四。另探员牛孖筋的朋友一个当杀手的，联合起来对付龙四，Jessica和日本女子不幸被杀，警方顺利剿灭龙四。

　　本是水果店小伙计的成大器（黄晓明 饰），在上海投向权倾一时的巡捕房探长洪寿亭（洪金宝 饰）旗下，任职赌场打手，被洪寿亭的妻子凌沪生（袁莉 饰）慧眼赏识，造就大器迅速出人头地。成大器颇具江湖手腕，不仅敢打敢拼，还擅于各方谈判，愿意利益共享，往往能化干戈为玉帛，令他终于成为 上海一代枭雄之首。　　成大器少年得志，交上了上海第一美人“溢春园阿宝”（莫小棋 饰），阿宝对王公巨贾都不假辞色，但对大器却一往情深，可惜她发现了无论大器如何疼她宠她，她在大器的心目中永远都只能是第二位，第一位始终是青梅竹马、音讯全无的叶知秋（袁泉 饰）。　　多年后，人到中年的成大器（周润发 饰），已是一方之雄，声誉与地位已超越了师父洪寿亭。在上海几乎已无人匹敌，但外敌蠢动的野心与霸道，成为他的最大难题。此时，当年救他一命的茅载（吴镇宇 饰）已成为大特务头子，野心勃勃，以权谋私，令成大器不得不计划好“杀出一条血路”。而就在这时，他竟重遇了多年不见的叶知秋，同时发现原来她已作人妇……

黑社会头目龙四爷及养子以贩卖军火和毒品为业，为害一方。警员杰西卡奉命打入犯罪组织，以龙四养子金少爷未婚妻的身份搜集罪证：为报父仇，日本少女枪击龙四爷，捣毁走私货物。龙四爷恼羞成怒，雇杀手方欲除心头之患。争斗中，方幡然悔悟，坚定地站在正义一方，协助警方铲除了龙四爷一伙，也为友人报了仇。

生命垂危的黑帮人叻君讲述了他被出卖被背叛的一生：曾经天真的他被骗入黑社会，投身于无良黑帮大佬的门下，被朋友出卖，惹来了不少麻烦叻君终于弃暗投明，来到大佬天生的帮派中间，却还是被朋友、情人相继背叛。叻君与大佬反目，逃亡日本娶妻生子，不料杀手团把已有身孕的妻子残忍杀掉。于是，今日的叻君之所以凶残无人性，皆因这一系列逼上梁山的遭际，是命运把他逼到绝境。当垂死的叻君从死神中挣脱回来时，他的叙述，有了一百八十度的转变：他天生残暴，每次作恶多端后都能大难不死，用为人不齿的手段和作风在江湖上混，他是个贱到十足的人渣，没有半丁点值得怜悯的地方。

1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。