很久以前四处游荡的羽入一族来到雏见泽定居，虽然他们希望能够和当地居民共存，但是在排外心的作用下遭到了拒绝，并发生了流血事件。这时，羽入以人类的姿态和古手神社的神主进行交涉，而且和神主的后继者有了孩子。神主也觉得这样下去不是个办法，于是要求他们遵守几个严厉的条例。而且，为了平定互相猜疑的人心，必须要有牺牲者。羽入接受了这些要求，她甘愿成为古文书所记载的“混沌的鬼神”，倒在了自己的女儿剑下（根据古手家的古文书记载）。而村民们将背负起双方的罪孽和责任，换来了和平共处的“鬼神”奉为了OYASHIROSAMA。当然，羽入并没有这样死去。当她再次复苏的时候，雏见泽已经恢复成了平常的样子，两者和睦共处，而她也在漫长的岁月中默默注视着他们的成长，以OYASHIROSAMA的身份。直到梨花的降临才从寂寞中解放出来。

故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。　　为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。

1983年，受到异星起源种·BETA侵略的东德，被拖入了令人绝望的消耗战中。 　　在这样的战况中，テオドール·エーベルバッハ少尉所属于被称作东德最强部队的第666战术机中队“黑之宣告”，他不相信祖国与他人，只为了自己能够生存下来而作为卫士投身于战斗中。 　　有一次テオドール为了拯救在战场中孤立无援的战术机而和中队长アイリスディーナ·ベルンハルト大尉一同出击。 　　但是当得知救出来的卫士是西德军的カティア·ヴァルトハイム少尉的时候，アイリスディーナ不禁露出了惊讶的表情。 　　据カティア交代，她是为了亡命到东德而越过国境线，并提出希望加入第666中队。 　　中队的随军政治将校グレーテル·イェッケルン中尉虽一再进言此举将会引起支配东德的国家保安省的注意，但アイリスディーナ依然批准了カティナ的编入，并任命テオドール对她进行教育。 　　不想被国家保安省盯上的テオドール追问カティア亡命...

又回去魔女幼稚园的小花，为了和升上六年级的DoReMi等人一起上学，使用魔法把自己变成一位12岁女孩。但因为魔法冲击太大导致她的水晶球无法承受而全数粉碎，不过也成功的到了人类世界，并转学到美空小学六年一班，和DoReMi与小桃子同班。因为失去了原来的水晶球，为了让小花再度成为魔女，因此就需要参加魔法升级考试，而DoReMi五人则继续以见习魔女身份从旁指导小花，如果小花通过一级考试，则她们同时也会正式恢复魔女身分。故女王凿下了自己水晶球的一部分，分成5颗水晶球给DoReMi等人。最终，在大家的努力下，经过重重磨难，小花重新成为魔女，而DoReMi等人也小学毕业，向着自己的梦想前进着。

神凪和麻（小野大辅 配音）出生于使用炎术的名门之家，然而却因为缺乏才能而被父亲神凪严马（小山力也 配音）赶出了家门。在一次偶然中，和麻意外遇见了强大的风之精灵王，并与其签订了契约，拥有了风之圣痕，并成为了最强的风术师。　　一晃眼，和麻离开日本已经四年了，当他回到这片称之为故乡的土地之时，他想要拥有的，不过只是平静的生活。某日，和麻遇见了名为神凪绫乃（藤村步 配音）的少女，她是神凪一族宗家的长女，亦是下一任宗主。尽管绫乃个性傲娇又迟钝，但和麻还是感受到了隐藏在她内心深处的善良，遂两人开始一起行动，而命运的齿轮亦就此开始转动。