守正（邱淑贞 饰）是一名警察，最经，一个噩梦常常在午夜困扰着她，梦中，被残忍杀害的女子和诡异的现场成为了守正心头挥之不去的阴影。一次行动中，守正奉命追捕一名逃犯，在此过程中，对使用枪械一无所知的守正竟然精准的开枪击中的匪徒，之后眼前出现的场面让守正绝望的意识到，她的噩梦成为了现实，一场和宗教有关的连环杀人案正在城市里默默的进行着。 巫铁男（甄子丹 饰）和守正成为了此案件的负责人，他们设计企图将凶手捉拿归案，却反而遭到暗算，女警莉奥（梁思敏 饰）亦成为了牺牲品。与此同时，守正发现了多年前失踪的父亲的踪迹，这让守正开始明白，周遭所发生的一切，和自己的身份与过去有着千丝万缕的关联。

20世纪50年代末60年代初的香港，警匪勾结，乌烟瘴气。其中，九龙城寨更是一个龙蛇盘踞，令人闻风丧胆的混乱所在。 　　无所事事的小青年阿豪（刘青云 饰）和阿乐（吴镇宇 饰）偶然混迹于此，为这里的乱世气氛所感染，乐不思蜀。他们合伙赌马诈钱，惹来庄家追杀，幸得当时城寨大哥肥宝出 手方保住性命，二人的命运也自此发生转变。阿豪拜入肥宝门下，后与肥宝的小姨子大胆英（彭丹 饰）相恋，他果敢勇猛，风头无两；阿乐当上警察，与曾和阿豪有染的女孩菲菲（朱茵 饰）结婚。为了让虚荣的妻子过上幸福生活，他不惜选择贪污堕落。 　　两个分处黑白道的好兄弟，携手打拼出一个属于他们自己的天下……

1913年，钱无义（徐锦江 饰）带了洋人来夺家传之宝，华家人惨遭灭门。华英雄（郑伊健 饰）在怒火中杀光洋人。他忍痛与妻子洁瑜（杨恭如 饰）暂别，远避美国当苦工谋生，却承受着种族歧视的不公待遇，华英雄反抗出走。　　洁瑜带着身孕赴美，得中华楼老板元武（元彪 饰）相助，而英雄也被鬼仆救 出，夫妻相聚。洁瑜诞下龙凤双胞胎之夜，中华楼遭“五术人”纵火，洁瑜身亡，女婴被掳走，男婴被好友生奴（林晓峰 饰）收养。华英雄为了报仇，苦练师父金傲（黄秋生饰）的《中华傲决》武功。十六年后，华英雄之子华剑雄（谢霆峰 饰）欲寻生父，但华英雄以“天煞狐星”为由，不肯亲近儿子，最终在纽约自由女神像上，与仇人“五术人”的师父无敌（吴镇宇 饰）决斗……

　　高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。女卧底阿钉（佘诗曼 饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇 饰）的指挥下，她尝试与这名神秘卧底进行接触。另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉 饰）和邵志朗（古天乐 饰）联手袭击了竞争对手。这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。　　经过几番试探，阿钉终于与神秘卧底接头，可是莫大的危险也向她奔涌袭来……

　　承接《潜行狙击》电视剧结局，梁笑棠Laughing（谢天华饰）谋杀苏星柏（黄宗泽饰）罪名成立，判处无期徒刑；梁笑棠在狱中结识大学教授霍天任（吴镇宇饰），教授外表斯文，与世无争，但却能以心理陷阱收服穷凶极恶的 “巨川”（林雪饰）。其实教授是高智商的犯罪心理学家，擅用冷读法，可以洞悉对方心理活动和秘密，于无声中掌控他人。　　神秘女子（文咏珊饰）到狱中探望梁笑棠，其隶属比警队更高层次的保安局，原来，梁笑棠入狱是再次担当卧底角色。当日，杀苏星柏是另有其人，保安局副局长（麦长青饰）怀疑整件事跟潜藏警队中的黑警团伙有关，所以借势令梁笑棠入狱展开调查。　　梁笑棠亦步亦趋主动接触狱中目标人物前毒品调查科警长“大切”（杜汶泽饰）在将要取得进展时，发现教授亦同时以心理治疗法，令“大切”多次精神错乱，直至向“大切”发出了死亡暗示。　　一场敌友难分、正义与邪恶的生死对决在实力极不均衡的态势下火爆展开了。