《倩女奇冤》的4个单元风格各异，分别是悲剧、功夫剧、轻松幽默剧、生死爱情剧。《新窦娥冤传奇》为人性大悲剧，令人悲中生怜，发人深思；《新谢小娥复仇传奇》为精彩功夫剧，使人在善恶爱恨中杀得难解难分，功夫又精彩了得；《新英娘救父传奇》为轻松幽默剧，小英娘金銮殿斗皇帝，惊险中妙趣横生；《新陈三两爬堂传奇》为生死爱情剧，于虎狼窝中守身如玉、爱恨分明。

故事发生在隋朝末年，美女柳絮（俞飞鸿 饰）因行刺隋炀帝（周野芒 饰）未遂，被强令下嫁乞丐二蛋（吴孟达 饰）以示惩罚，次年生下古灵精怪的儿子蛋蛋（叮当 饰）。蛋蛋生于乱世之秋，当时群雄逐鹿、天下大乱，二蛋领着儿子开始了四处漂泊的流亡生活。秦琼（卲峰 饰）与柳絮同出一个师门，情同兄妹，但有缘无份，裴元庆（吴京 饰）少年英雄，曾与柳絮欲结百年之好，不幸英年早亡。为救瓦岗众兄弟于水火，柳絮又忍辱嫁给奸雄王世充（秦焰 饰）。逐渐长大的蛋蛋随父亲多年寻母无果，爷俩只好行乞为生，幸遇师傅刘风（齐景斌 饰）教点杂耍手艺，从此行走江湖，后遇药王孙思邈（刘长生 饰）相赠仙丹，但蛋蛋最挂牵的仍是多年未见的母亲......

一九二五年，奉系将领武擎天在蚌埠火车站兵败被俘，遭直系军阀孙啸秋枪决。武擎天女儿武剑羽立誓要为父亲报仇。武剑羽女扮男装和从小结义金兰的妹妹白露、楚丹丹、弟弟武忠诚以及父亲的忠心部属马云来到上海，途中巧遇上海青帮老大张树声之子苏继飞。马云利用京戏班演出机会刺杀孙啸秋失手被杀，苏继飞力劝武剑羽放弃复仇计划，但武剑羽绝不罢休。结果苏继飞一步步卷入这一场恩怨情仇之中，同时他和武剑羽之间也暗生情愫。

6岁的秋秋是个天真可爱的小女孩。她父母离婚后，母亲又嫁他人，秋秋只能跟父亲阿满生活在一起。一天，阿满带着思念母亲的秋秋去找前妻潘玉兰。潘玉兰见丈夫关正光去了外地，就把秋秋留在身边过夜。不料夜里关正光提前赶回来，他见到秋秋出现在家里感到十分意外，他不允许秋秋闯进自己的安乐窝。阿满单位的钟经理是位心地善良的人，他像对待亲人一样和秋秋相处，还经常去保育院替阿满接秋秋。钟经理为厂使阿满和杨春娘喜结良缘，他把秋秋说成是自己的女儿。秋秋生病了，疼爱孩子的潘玉兰把秋秋带回家照看，谁知再次引起关正光的不满。秋秋赌气带病出去游逛，无意中听到杨春娘正对父亲阿满讲：“原来真担心你有孩子，后来钟经理证明你确实没有，我才放心了”。秋秋听后伤心极了，她抱着个布娃娃躲在不引人注意的角落里，找到了权且栖身的宅钟经理为了阿满与杨春娘顺利结婚，亲自把秋秋送到农村，托付给阿满的父母抚养。秋秋流着眼泪送别了关心和疼爱自己的钟伯伯。阿满父母无力照管秋秋。秋秋悄悄跑出去，一路上忍饥挨饿，在好心人帮助下安全回到城里家中。秋秋的突然出现使杨春娘大吃一惊，她哭闹着要与阿满一刀两断。秋秋知道自己到哪儿都是多余的，幼小的心灵受到沉重的打击，她再次出走了。秋秋不知不觉走到妈妈的楼前，她仰面大声呼喊着妈妈。但她昕到却是关正光无情的回答：“这儿没有你的妈妈。”可怜的秋秋又冷又饿，蜷缩在一家昏暗的门角弯睡着了。阿满、潘玉兰、钟经理和许多好心人在大街小巷四处寻找出走的秋秋。秋秋来到动物园虎山前。潘玉兰寻至，追喊自己的女儿。尾随其后的关正光怒气冲冲，却不慎掉进了虎山之中。谁知奇迹出现了，老虎只是嗅了嗅他就走开了。饲养员对围观的人群解释“没有人味的人野兽是不吃的”。秋秋被父亲阿满接回家，杨春娘终于战胜了世俗与偏见，她欣然做了秋秋的继母。

香港富豪周老爷临死前为防止同父异母的儿子培森和培林为财产撕杀，将家产一劈为二，分给二人森向林下毒手，林活了下来，十二年后，成为东南亚巨商。森绑架女杀手欧阳菲的母亲，并对菲注射药物，命她二十天内干掉林。菲数次对林下手，都遭失败。而林却不顾一切向她求婚。原来菲是林所爱女子的双胞胎妹妹，姐姐已被森打死。于是，二人合力杀死了森。此时，周府老管家道出了解毒秘方，菲终于获救。