黄飞鸿（李连杰 饰），十三姨（关之琳 饰）和鬼脚七（熊欣欣 饰）三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏（陈国邦 饰）在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利（Jeff Wolfe 饰），不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一己之力予以华工帮助。失去记忆的黄飞鸿被印第安人部落收留，因十三姨坚持不懈的寻找二人终于团聚。与此同时，镇长与匪帮勾结为自己牟取暴利，事发后撇开匪帮导致后者大举报复，被镇长栽赃的黄飞鸿挺身而出，大战西部群匪……

明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。 　　各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……

练习太极多年的马老师为了帮助中国传统文化走向世界首次出演电影，参与该电影的还有李连杰、甄子丹、吴京、邹市明、朝青龙、托尼·贾、向佐、刘承羽，武术指导袁和平、洪金宝、程小东，大家齐心协力通过影片向中国功夫做过贡献的前辈致敬，同时与全世界分享中国文化。

在风景如画的桂林，两户人家隔河相望，一家是武当嫡传的鲍笙凤（于承惠 饰），鲍家一连八个，皆为女儿，致武当剑法有失传之虞，鲍笙凤整日愁眉不展，更对对岸的少林一家怒目相视。十年前，少林弟子天龙（于海 饰）、二龙从强盗秃鹰（计春华 饰）一伙手中救下八名孤儿，师兄弟将八个干儿子辛苦养大，自己的终身大事却一拖再拖，两人属意鲍家大凤、二凤（丁岚 饰）多时，无奈鲍笙凤视少林为敌，定下十头牛换一门亲的苛刻条件。三龙（李连杰 饰）与七个兄弟为成全干爹和二叔，不舍不弃使出连番妙计，同时与三凤（黄秋燕 饰）在长期的对峙中互生了情意……另一方面，不甘十年前受创的秃鹰一伙派出奸细，试图进一步挑拨龙、凤两家关系，三龙为父为己的求婚之路，顿时荆棘密布……

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是红花会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩（叶德娴饰）和红豆（邱淑贞饰）母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至菩禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了红花会总舵主，并追杀五个孩子……