死于东京皇家饭店电梯里的美国黑人青年被人发现后，警方展开调查，从死者遗物中，知晓其名叫焦尼，并推断其来日目的是为找寻生母。根据种种线索，警方来到某温泉，发现知情人已被杀害，但还是知晓了知名服装设计师八杉恭子（冈田茉莉子）当年曾与一美国黑人士兵在此同居之事，遂派警官栋居（松田优作）前去美国向纽约警察肖夫坦（乔治•肯尼迪）求证。　　求证过程中，栋居陷入历史记忆与民族情结中，几欲将眼前的美国人尤其肖夫坦与当年在日本犯下罪行的刽子手混为一谈，但终回复理智完成了任务，将八杉恭子圈定为凶手，而八杉恭子不过也是历史的受害者。

　　故事紧接着上一部展开。菊川玲二（生田斗真 饰）接受了上级布置的新任务——接近并取得黑社会头目轰周宝（岩城滉一 饰）的信任，找到后者犯罪的证据。一场意外的发生让玲二得到了进入轰周宝家中做他的贴身保镖的机会，在那里，玲二见到了老大的女儿轰迦莲（本田翼 饰），莲表面看来是一个单纯善良的女学生，实际上却是十足的混混。在迦莲的百般诱惑下，玲二能否守住对恋人纯奈（仲里依纱 饰）的忠诚？　　新上任的督察兜真矢（瑛太 饰）调动各方警力步步紧逼追踪着玲二的下落。与此同时，迦莲遭到了轰周宝的死对头樱骂百治（古田新太 饰）的绑架，被送往了地下人口拍卖会沦为商品。

2009年，好打抱不平的女侠飞鹰（杨紫琼）时常有惩奸除恶之举，深受市民爱戴，她的表面身份是名媛淑女鹭鹭。警察局长认为飞鹰的气焰有损警队威严，找来神探文仁（任贤齐）捉拿飞鹰。行动中，文仁巧遇师妹鹭鹭，因久未见面不知对方生活，两人重逢时他没立即将鹭鹭与飞鹰联系在一起。 　　某日，鹭鹭的一名追求者何聪博士遭女贼（李冰冰）绑架，鹭鹭穷追不舍，终没抵过对手，她的举动引来文仁的怀疑。文仁从何聪助手身上探究线索，断定此案与太阳国的夏木集团主席夏木俊有关。解救何聪的行动中，鹭鹭又一次显露非凡身手，文仁开始将飞鹰与她作更为丰富的一体联想，双方关系亦变得十分微妙。

由于涉嫌用枪支威胁“守法好市民”，当初以史上最差成绩从警校毕业的小巡警菊川玲二（生田斗真 饰）正式被署长酒见路夫（吹越满 饰）宣布开除公职。当他怒不可遏之际，却得知自己已被选为卧底，潜入关东头号黑帮数寄矢会，搜集会长轰周宝（岩城滉一 饰）操纵制造与贩卖毒品的证据。在经受了魔鬼教练一美先生（远藤宪一 饰）的折磨蹂躏后，玲二从头到尾焕然一新，走进了数寄矢会所控制的俱乐部，在此用鲜血结识了一生的兄弟——有着疯蝴蝶之称的阿湖义组的若头日浦匡也（堤真一 饰）。当他总算迈入黑道大门时，来自关西的蜂乃巢会则图谋挑起一场东西黑道大战争。站在风口浪尖的玲二，此时早已没有抽身的机会…… 　　本片根据高桥升的同名漫画改编。

1995年，东京发生了连环绞杀案，五人被害，凶手无影无踪，该案成为悬案。2017年，就在该案早已过了诉讼有效期之时，一位名叫曾根崎雅人（藤原龙也饰）的男子出版了一本《我是杀人犯》的告白书，声称自己是22年前连环杀人案的凶手，并嘲笑警方无能。此举震惊了整个日本社会，面对受害者家属的愤怒，警方却束手无策。作为当年调查案件的刑警，牧村航（伊藤英明饰）多年来从未放弃追捕真凶，对于曾根崎雅人的话他将信将疑，一场激烈的猫鼠游戏在两人之间展开。