这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚　　过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭　　但人，神，魔三族共同战斗　　作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来　　接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半　　二千年以后，世界始终和平安宁　　不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它　　某一天　　一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙　　世界的均衡渐渐被打破　　当巴哈姆特再次发出吼声之时　　世界再次落入绝望的深渊　　世界啊，毁灭吧！　　某个声音如此肯求着

　　2006年7月にPlayStation2用ゲームソフトとして発売され人気を博した「ペルソナ3」の劇場版アニメーション。1日と1日の狭間に存在する「影時間」に出現する異形の怪物「シャドウ」。彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。

　　故事发生在二十一世纪初年，一场浩大的灾难让“生府”取代了原有政府，成为了国家最高领导组织。经过死亡的洗礼，人们开始格外重视生命的重要性，于是，政务在居民们体内植入了“WatchMe”设备，以检测和介入他们的健康状况，这也就意味着，身体不再是属于个人的所有物，而是被列入了国家管理的范畴，自杀更是无可饶恕的重罪。　　雾慧图安（泽城美雪 配音）、御冷弥迦（上田丽奈 配音）和零下堂吉安（洲崎绫 配音）是三位对现存制度产生了疑虑的少女，在弥迦的带领下，她们准备自杀以挑战制度，可是最终弥迦死了，计划失败。一晃眼多年过去，雾慧和吉安重逢，与此同时，全国各地发生了数千起集体自杀的案件，而这背后的真相和弥迦当年的死有着千丝万缕的关联。

动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……

　　某年的圣诞夜，大批民众聚集到某栋大厦门外，抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时，交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事……　　本片根据士郎正宗的原作改编。