结月（钉宫理惠 配音）是一个平凡的女子高中生，一天，在机缘巧合之下，她被手机传送到了一个名为“神牙”的世界之中。在那里，狼人和吸血鬼们同人类生活在一起，拥有着特殊血脉的姬神子维持着这个世界里的和平与平衡，但是有一天，姬神子莫名其妙的失踪了，天平开始倾斜，与此同时，名为厄魔的魔物接二连三的出现，整个世界处于崩塌的边缘。　　在这里，结月遇见了名为丰臣秀吉（花江夏树 配音）的武将，被其所救，很快，丰臣秀吉就发现，在结月的血中，存在着能使月牙族觉醒的神秘力量，之后，武田军、上杉军、真田君等各派人马都知道了结月的秘密，结月成为了他们争夺的对象。

神凪和麻（小野大辅 配音）出生于使用炎术的名门之家，然而却因为缺乏才能而被父亲神凪严马（小山力也 配音）赶出了家门。在一次偶然中，和麻意外遇见了强大的风之精灵王，并与其签订了契约，拥有了风之圣痕，并成为了最强的风术师。　　一晃眼，和麻离开日本已经四年了，当他回到这片称之为故乡的土地之时，他想要拥有的，不过只是平静的生活。某日，和麻遇见了名为神凪绫乃（藤村步 配音）的少女，她是神凪一族宗家的长女，亦是下一任宗主。尽管绫乃个性傲娇又迟钝，但和麻还是感受到了隐藏在她内心深处的善良，遂两人开始一起行动，而命运的齿轮亦就此开始转动。

一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！　　与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……

友引高中即将迎来新一年的学园祭，上到老师，下到学生，却都为了这个重要节日而忙碌。虽然应名还有最后一天的准备时间，但是日复一日，年复一年，学园祭开幕式却迟迟未能举行。疲劳的温泉老师从中感到蹊跷，他感到自己与周围的人每年都过着同样的生活，却丝毫未能察觉奇怪之处。温泉将这个想法告诉了樱花老师，两人商议命令天天泡在学校的学生们回家，可是无论如何兜兜转转，面堂等人最终还是回到了学校门口，而留守的温泉老师也就此失踪。经过数日同样的诡异生活，面堂、阿当等人同意与樱花老师成立事件真相纠察小组，大家一同进入了时间和空间分外诡异的友引高中……　　本片根据漫画家高桥留美子的原作改编，是该系列动画的第二部电影版，导演押井守对影片的全新诠释却引起了原作者的不满。

　　『美少女戦士セーラームーンCrystal』第2期 ブラック・ムーン編は、2015年1月17日（土）19:00よりニコニコ動画ほかにて全世界同時配信開始です。セーラームーンと幻の銀水晶をめぐる新たな物語の幕開けに、是非ご注目ください！