2117年冬、公安局ビルに一台の暴走車両が突入する事件が発生。その運転手は青森にある潜在犯隔離施設〈サンクチュアリ〉の心理カウンセラー?夜坂泉だった。しかし取調べ直前に夜坂の即時送還が決定する。 監視官の霜月美佳は、執行官?宜野座伸元らとともに夜坂送還のため青森へ向かう。 そこで待っていたのは、〈偽りの楽園〉だった。

在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

1943年 欧洲战场局势神秘莫测，卡特兰的异形军横行霸道，不可一世，令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，凭借深藏体内的魔力与各种威胁人类存在的怪兽展开搏斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终败退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里 配音）即是其中的一员，战后她返回故乡扶桑皇国，以成为优秀的医师作为奋斗目标。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内田彩 配音）前来拜访，邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。　　身怀绝技的美丽魔法少女们从四面八方再次云集，欢乐玩笑之际，却不知贼心不死的异形军正悄悄逼近……

想いを背負い、新たな、そして未来への戦いへ。　　汎銀河統一帝国を名乗る謎の勢力“ウルガル”の襲撃を受け、存亡の危機に陥った地球。　　遺伝子操作によって戦うために生まれた子どもたち、イズル、アサギ、ケイ、タマキ、スルガ、アンジュの「チームラビッツ」は、最新鋭の戦闘デバイス「AHSMB（アッシュ）」で戦いを挑む。　　ウルガルの拠点を叩く決戦で勝利するが、その戦闘でイズルは重傷を負い昏睡状態となってしまう。　　戦闘母艦ゴディニオンでイズルの回復を祈るアサギたち。　　そんな中、ウルガルの皇族の遺伝子を持つディオルナがその姿を現し、残存部隊を統率して地球へと侵攻する。　　狙うは、ラビッツの母校・グランツェーレ都市学園の地下に眠る“遺伝子”。　　イズルの意識が戻らない中、「イズルのぶんまで戦う」と決意するアサギ。　　チームラビッツ、そして新アッシュを駆るチームフォーンは最後の戦いへと出撃していく。

“バンパイア”のテスト飛行中、謎の触手から攻撃を受けた藍華。彼女はどうにか機体を立て直すが、敵の正体は不明であった。そんな中、藍華はエリから呼び出され、久々に彼女やカレンとの再会を果たす。だが、それは藍華に依頼をするためであった。カレンの通っている聖エアロ学園に潜入し、ここで起きている連続失踪事件を調べることとなった藍華。そして、エリが怪しいと睨んだ時計塔は、例の触手が潜んでいた場所でもあった。