在熏风高中上学的纯朴少年小山田耕太，迎来了来到城市后的第一个暑假。　　这也是和学园的园花、也是狐妖的源千鹤交往后的第一个夏天。　　浑身洋溢着轻松感的日子——耕太和千鹤，还有伙伴们，接下来将会有怎样一番经历呢？

竹本武（水岛大宙 配音）是一个充满了正义感的普通少年。某一日，森林中的一个发光物体吸引了武的注意，随后，少女光（川澄绫子 配音）从光芒之中破茧而出。光的存在给武带来了许多的快乐，但她的神秘身世一直都像一道阴影一样投射在两人的生活中。　　与此同时，一位名叫明（清水爱 配音）的少女和竹本武亲梅竹马的好友二之宫良（泷本富士子 配音）相遇了，就这样，天真善良的四人渡过了一段无忧无虑的时光。可是好景不长，原来，光是为了毁灭地球而被制造的武器，当暴虐的本性无法再隐藏之时，明和武不得不为了保护地球而站在了光的对立面。一边是世界的和平，一边是自己心爱的女孩，武会做出怎样的选择呢？

原作ライトノベルは中高生を中心に絶大な人気を誇り、テレビアニメも大好評の「灼眼のシャナ」。初映画化となる本作では、原作小説の第1巻を基に、主人公の悠二と少女シャナとの出会いや、異世界から来た化け物・紅世の徒との戦いの始まりを描く。高校生の悠二は、人の“存在”を灯りに変えて喰らう化け物・紅世の徒に襲われたところを、紅蓮の髪と眼を持つ謎の少女に救われる。しかし彼は、自分がすでに“存在”していないことを知らされ……。

电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师，担任全校最不被看好的班级3年E班的导师，与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物，却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂，却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定，也陪伴着他们到了7年后的未来。

来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。　　在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。