《黑子的篮球》故事主要围绕两位主人公——被誉为第六位“奇迹世代”的黑子哲也以及从美国归来的天才篮球选手火神大我展开，两人在球场上市光与影的搭档。相遇后的他们将挑战其他五位“奇迹世代”。

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。　　两国之间的抗争持续了150年，　　以无边无际的广袤银河为舞台，　　重复着无止境的战斗。　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治　　侵蚀着两个国家。　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

父亲去世之后，我继承了父亲所经营的影视公司“奇迹娱乐”，与此同时也成为了节目《发现奇迹》的制片人，为了不让父亲失望，我每一天都在努力着。 　　某日，个性古灵精怪充满了孩子气的周棋洛（柿原彻也 配音）、外表看似冷漠但内心却温情脉脉的CEO李泽言（杉田智和 配音）、拥有超高智商，对每一个人都温和而又冷静的许墨（平川大辅 配音）、个性大大咧咧，内心里充满了正义感的白起（小野友树 配音）四名男子接二连三的出现在了我的面前，随着和这四人的交往的深入，父亲死亡的真相也渐渐的浮出了水面。

无法忘记在刑务所的落语慰问会中见到的大名人·八云的“死神”，出狱的与太郎径直前往寄席。拜倒在八云面前，成为他住所的雇工以及弟子，磨炼了技艺的与太郎终于升进成为真打。他所继承的名号是第三代助六。为了八云师父，为了小夏，为了改变两人心中的助六，与太郎所找到的自己的落语是……

　　容姿端丽、最强无敌学生会长黑神目泷为你解决问题！　　一年十三组的黑神目泷入选成为箱庭学园第98代学生会长，她在选举战中根据公约设立“意见箱”。　　“你们的梦想是你们自己的所有物，自己挑战就要自己实现，但是，你们的烦恼是我的所有物，一点不剩全部交给我吧！！！”　　于是，黑神和她的青梅竹马“人吉善吉”开始共同解决学生们投递的案件。意见箱人送外号“黑神箱”，获得学生们一致好评，但是……