宽永七年德川幕府第三代将军家光时，当时由于实施中央集权，削弱了许多诸侯大名的权力，曾经叱咤一时的武士阶级很多失业沦为浪人。残酷的现实使得无所事事的浪人经常跑到诸侯家，表示要切腹自杀，而势力被削弱无力招揽更多浪人的诸侯只得用钱打发他们走，于是这成为当时流行的敲诈手段。一天井伊家来了一位名叫千千岩求女的浪人，他也提出相同要求，家臣决定将计就计，让他切腹，结果千千岩求女在极度痛苦中咬舌死去。　　几个月以后又有一名叫津云半四郎（仲代达矢饰）的老浪人前来要求借井伊家宝地切腹自杀。其原因也是不堪生活的困苦，井伊家老（三国连太郎饰）出面。在切腹之前，津云要求讲下自己这辈子的故事……

環境学者である西山玄学は、企業や企業の肩を持つ警察の圧力に屈することなく公害の実態調査をする一方、代々家に伝わる『諸世紀』の研究をしていた。そんな或る日、娘であるまり子の恋人の中川が帰国。まり子と中川の前で、父の西山玄学は「今の時代、先がどうなるかわからない。結婚しても子供は作るな」と残酷な忠告をした。数日後、夢の島で合成防腐剤AF2のため巨大化したナメクジが大発生する。日本各地では奇形児が増加する一方で、亜鉛鉱山周辺では特定の能力が異常に発達した子供が現れる。中川の実家がある漁村が赤潮で全滅した夜、中川とまり子は互いに惹かれ、ついに船の上で結ばれる。　　西山は、人類の行き過ぎた開発が人類を滅亡させるとして、必要以上の生産を止めるよう提言するが、人々の興味は生活の向上や生産の増加に向いており、逆に「ヒューマニズムの崩壊」と批判される始末。国際会議も、発展途上国の人口増加が環境破壊に拍車をかけていると主張する先進国と、先進国の資源浪費が環境破壊の原因だと反論する発展途上国が対立して紛糾する。そんな中、太平洋上の海面が凍りつき、エジプトで雪が降るなどの異常気象が発生。さらに、成層圏に滞留した放射能がニューギニアに降り注いだとの知らせが届き、国際合同調査隊が派遣されることになった。西山の研究所からも2人の部下が派遣される。しかし合同調査隊は行方不明になり、西山や中川らによる第2次合同調査隊が派遣された。そこで彼らが目の当たりにしたのは、放射能によって巨大化した動植物や、食人鬼となり襲いかかる原住民、そして洞窟の奥で生きる屍と化した第1次調査隊隊員の姿であった。彼らに拳銃を向ける外国人隊員を制止する玄学だが、「こうするほかに何ができますか」と反論された玄学も、自ら自分の部下を射殺するしかなかった。　　その頃、SST事故によるオゾン層の破壊で日本列島に超紫外線が降り注ぎ、山火事やコンビナートの炎上が続発。さらに、異常気象は世界各地に拡大し、各国の穀倉地帯は軒並み全滅。暴騰する食料価格や大災害で人心は荒廃し、食料目当ての暴動や若者の退廃が進行。ついにそれによる二次災害までが発生し、東京の空はオゾン層の歪みで巨大な鏡と化した。大災害が頻発する中、西山の妻である伸枝は病に倒れ、玄学の腕に抱かれながら息を引き取る。その一方で、まり子の体には新しい命が宿っていた。　　度重なる天変地異に、西山は国会で様々な人類滅亡のパターンを警告し地球の危機を力説、破滅への展望を展開していく。その凄惨な内容に衝撃を受けた内閣総理大臣は、政治家として大きな決断を迫られた。その決断とは…。

　　江坂は仲間二人と小さな出版社をやっている。ある夜、江坂は目黒川に身を投げた女を助けた。女は滝村秋子といい、夫の暴力に耐えかねて家を出たと話した。それから二人の奇妙な生活が始った。二カ月も過ぎると、二人はすっかり夫婦きどり、行きつけの飲み屋でも、いつも二人の姿が見られた。そして秋子は、夫、豊に離婚を迫った。その話に豊は驚いた。というのは、大学病院に勤める豊は、看護婦の三代江とただならぬ関係になり、秋子に離婚を迫ったことがある。しかし、嫉妬深い秋子は離婚にはガンとして応ぜず、家中の家具を金属バットで壊したことがあった。その秋子が離婚を求めてきたのだが、今度は豊が応ぜず、二人でやり直そうと言い寄った。その頃、行きつけの店の客の一人、桑野という男が自宅の風呂場で殺された。事件の前に、店に秋子という女から桑野に電話があったそうで、さらに現場には滝村の名刺が落ちていた。秋子のことを思い浮かべた江坂は新聞記者の義兄の青柳に話を聞き、滝村も訪ねた。二人から聞く秋子の姿は、彼女が江坂に話したこととは正反対であった。暴力に必死に耐える女どころか、嫉妬深い女だった。江坂は桑野を殺したのは秋子ではないかという疑いを抱いた。翌日、休日出勤した江坂を、秋子が陣中見舞に立ち寄った。執拗に問いつめる江坂に、秋子は滝村のことはウソをついていたことを認めた。しかし、桑野殺害についてはまったく身に覚えのないことで、江坂にここまで問いつめられ、絶望するのだった。その時、江坂の机の電話が鳴った。青柳からで、殺人事件の犯人が逮まり、滝村の内妻の三代江の犯行だったという。秋子を落し入れようとする三代江の罠だった。秋子がいなくなったことに気付いた江坂は屋上に駆け上ると、手すりを飛び込える彼女の姿が見えた。