在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！

　　为了帮助王子艾利克斯解开魔咒，灰姑娘艾拉带着魔法师莉莉，以及沃尔特和曼尼两只老鼠朋友再度出发寻找生命宝石，但朋友莉莉却在冒险中为了保护艾拉而牺牲，拿回生命宝石的艾拉面临着一个选择，究竟是帮助王子，还是救回朋友？

　　颓废的白领接收到神秘邀请，“你想知道生命的意义吗？你想真正的活着吗？”　　传送进入变化莫测的主神空间，来自未来的人类对现世发出的邀请和挑战，人类在大宇宙开拓时代面对的种种挑战都将被模拟为“副本”，供被选中的人们进行攻略，跨越重重陷阱，结识生死战友，成为团队领袖，为的是人类 族群的进化和存亡，和无限的未来！

《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。

　　这是众人期盼已久的完美假期。在飞往月球的豪华飞船圣芙蕾雅号上，尽情享受这难得的放松旅途——本该如此。神秘的黑影，突然的失重，消失的物品，全是漏洞的不在场证明……犯人，难道就在我们之中？