不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。　　可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。.

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……

故事发生在遥远的未来，相貌平平的女孩朱庇特·琼斯（米拉·库尼斯 Mila Kunis 饰）自幼丧父，如今她以厕所清洁工的身份在茫茫人海中奋力求生。谁知毫无征兆的一天，朱庇特的命运彻底改变，来自外太空的“半兽人”赏金猎人凯恩（查宁·塔图姆 Channing Tatum 饰）将其劫持，而这一切都与朱庇特与生俱来的神秘基因有关。话说在浩瀚宇宙的最深处，存在着一个屹立数千亿年的埃布拉赛克斯王朝，在前代女王去世后，顺位第一继承人的巴勒姆（埃迪·雷德梅尼 Eddie Redmayne 饰）践祚，野心勃勃地开始了他的邪恶计划。但是朱庇特拥有和前代女王最为接近的血缘，从而对巴勒姆的王位构成了威胁。 　　原本肩负杀掉女孩重任的凯恩，在和朱庇特奔走在炮火砍杀的过程中，内心渐渐发生了变化……