这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，而方法，竟然是让现存的魔法少女进行残酷的竞赛。　　天真善良的少女白雪（东山奈央 配音）、外冷内热的忍者波纹（沼仓爱美 配音）、背负着巨剑的圣少女（佐仓绫音 配音）、骑着扫帚大大咧咧的最高速（内山夕实 配音）、百发百中的神枪手灾厄玛丽（井上喜久子 配音），在这些被吉祥物法布（间宫胡桃 配音）选中的魔法少女们之间，一场大战即将拉开序幕。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验…… 　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。

“我有预感会遇见哥哥大人！” 前世为公主剑士，与兄长立下爱的誓约，拥有自己是其亲妹妹记忆的少女早月；以及“我的唇……你不记得了吧。”身为冥府魔女，在另一个前世常伴君侧、与之并肩作战的少女静乃──跨越命运轮回，同时与心爱的两人邂逅的少年诸叶，夹在早月和静乃之... “我有预感会遇见哥哥大人！” 　　前世为公主剑士，与兄长立下爱的誓约，拥有自己是其亲妹妹记忆的少女早月；以及“我的唇……你不记得了吧。”身为冥府魔女，在另一个前世常伴君侧、与之并肩作战的少女静乃──跨越命运轮回，同时与心爱的两人邂逅的少年诸叶，夹在早月和静乃之间左右为难！？ 　　而在能将前世记忆转化为力量的转生者学园中，史上首位两股前世之力“剑圣╳禁咒使”同时觉醒者诸叶，开始踏上无比奇特的命运旅程！ 　　为解救结下永世羁绊的两名挚爱，与前世共鸣的学园剑斗&魔法物语──寄宿在我的剑里吧，魔焰──如今，少年...

精灵和人类，以及神曲。　　只是以这三个部分所组成世界“POLYPHONICA”为背景的故事。人与精灵共存，同时精灵也拥有着力量，两者所生活的大陆——POLYPHONICA。人们依赖着精灵所带来的奇迹，精灵也以人类所奏的音乐为食量，在这个世界所有的物质以及一切地方发挥着她们的力量。精灵被音乐家所弹奏的音乐操控，发挥着力量。那些能弹奏特殊音乐的人们被称为“神曲乐士”，有着无尚的尊荣。平时虽然有着隐身的精灵们，但一部分有力量的精灵会以人类或者动物等姿态实体化，同时作为人类的“好朋友”融入社会生活中。　　作为这个故事的主人公塔塔拉•弗洛恩，是培养神曲乐士的弗德神曲学院的学生。虽然无意间与最强的精灵寇缇卡露特缔结了契约，但却因演奏不了重要的神曲处于难以晋级的危险状态。故事描述了学院生活中，寇缇卡露特与塔塔拉•弗洛恩两人间的爱情及成长。

　　故事发生在遥远的二零二零年，在同神秘生物“原肠动物”的战争中，人类首次尝到了彻底失败的滋味，土地被剥夺，权利被压榨，在冷酷的独裁统治之下，人类被迫过起了苟且偷生的压抑生活。然而，即便如此，坚强的人们仍然没有放弃反抗的机会，为了对抗强大的敌人，“天童民间警备公司”成立了。　　表面看来，里见莲太郎（梶裕贵 配音）只是一介平凡的十六岁告众人，可实际上，他年纪轻轻就已经成为了“民警”中的一员，在搭档蓝原延珠（日高里菜 配音）的帮助下，莲太郎决定要找到莫名死亡的父母的真正死因。一个绝密任务的出现将莲太郎带往了巨大谜团的中心，在危险和杀戮之中，他最终会得到怎样的真相？