这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，而方法，竟然是让现存的魔法少女进行残酷的竞赛。　　天真善良的少女白雪（东山奈央 配音）、外冷内热的忍者波纹（沼仓爱美 配音）、背负着巨剑的圣少女（佐仓绫音 配音）、骑着扫帚大大咧咧的最高速（内山夕实 配音）、百发百中的神枪手灾厄玛丽（井上喜久子 配音），在这些被吉祥物法布（间宫胡桃 配音）选中的魔法少女们之间，一场大战即将拉开序幕。

樱井奈奈（花泽香菜 配音）是一位平凡而又善良的可爱女生，某日，奈奈在网上看到了方南STRIDE部比赛的画面，被这项穿梭在大街小巷之中的运动深深吸引，产生了加入的念头。就这样，奈奈进入方南高中，加入了STRIDE部，开始了在这里的学习生活。　　个性阳光开朗的八神陆（木村良平 配音）、沉默寡言满脑子只有STRIDE运动的藤原尊（冈本信彦 配音）、外表娇小可爱却拥有强大实力的小日向穗积（小野贤章 配音）、体格健壮英俊帅气的支仓希斯（小野大辅 配音）、温文尔雅书卷气浓厚的门胁步（下野紘 配音），和奈奈一起奔跑在路上的是这些个性迥异的社员们，面对层出不穷的对手，他们会释放出怎样的激情呢？

魔、无头骑士、雪女、以及吸血鬼——。与我们人类略有不同，他们就是“亚人”。在最近则是被称作Demi。 　　这些有个性的“亚人”们，与对她们怀有深厚兴趣的高中教师·高桥铁男所展开的，稍有些刺激的心动学园亚人喜剧！

少女成濑顺（水濑祈 配音）有着一段不堪回首的童年往事，曾经，年少无知的她因为口无遮拦，导致了家族的悲剧，而她本人亦被封印了言语，无法再开口说话。这样的顺终日生活在悲伤之中，和所有人都保持着距离，紧紧的关闭上了心门。 　　某一天，浑浑噩噩迷迷糊糊的少年坂上拓実（内山昂辉 配音）、因为受伤而无法完成棒球梦想的田崎大树（细谷佳正 配音）、深陷令人苦恼的恋爱之中的拉拉队员仁藤菜月（雨宫天 配音）以及顺，这四人被老师任命组成了“地域沟通交流会”，他们要在交流会上表演一出音乐剧，可是班级里的大部分学生对此兴趣寥寥。在一片争执声中，顺突然出声，担下了演唱的任务。