新的一年，明修学苑理事长樱井凉子（黑木瞳 饰）带领麾下精英开赴湘南，宣布合并后的明修湘南高中的成立。内山田广志（田山凉成 饰）任副校长，而鬼冢英吉（AKIRA 饰）则担任2年A班的副班主任。与此同时，弹间龙二（城田优 饰）和冴岛俊行（山本裕典 饰）也因各种原因回到故乡，曾经大闹湘南的坏小孩们重聚湘南。鬼冢与高傲的女教师藤川穗奈美（比嘉爱未 饰）共同打理2年A班，宫地明里（三吉彩花 饰）、宇佐美太一（佐野玲于 饰）、芹泽航平（龙星凉 饰），一个个看似活泼享乐的新生代，却有着各自身体和心理上的创伤。GTO鬼冢决不允许自己坐视不管，他以独有的方式再次展开行动…… 　　本片根据藤泽亨的同名漫画改编。

曾经的棒球名校二子玉川高中因为一起恶性斗殴事件被取消了参赛资格。丧失比赛资格的同时，也让棒球队的一众成员安仁屋（市原隼人 饰）、御子柴（小出惠介 饰）、新庄（城田优 饰）、若菜（高冈苍甫 饰）等丢失了自己的棒球梦，成为了让学校头疼的问题学生。

　　故事的舞台回到星慧的高中时代。曾经不起眼的美术社社员慧，因为对网球部男生水岛翔一的感情，有一天突然变得能够听到他内心的声音。因为发现了读取人心这一特殊能力，ysgou.cc对水岛的淡淡爱恋以及慧的高中生活，都发生了巨大的变化。

　　前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。　　在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

　　近年來到日本大學留學的台灣學生越來越多，某天鬼塚英吉受到台灣高中學校的邀請來參加一星期的校外研修，於是龍二跟著鬼塚一起到了台灣。抵達當天就和偶然在夜市的冴島相遇，開始展開一連串鬼塚、龍二、冴島的在台傳說。充滿「霸凌遊戲」的校園內，就讀中的高層寶貝兒子握有絕對的權力，連忤逆他的老師也會被學校炒魷魚。在如此全校都是台灣人的校內，鬼塚老師開始上「GTO」史上最搞不清楚狀況的課堂，此時龍二被捲入少女和流氓的追逐戰，冴島也不知消失何處…。