本片讲述天文学家伊萨克深信宇宙是个寂静黑暗之地，除了外太空之外，对生活中其他事物缺乏热情。直到伊萨克遇到了艺术家克莱拉，克莱拉点燃了他的激情，他才发现人与人之间的探索也很迷人...

故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。

奈克松油田开采深海油田遭到环保界的一致否定，于是克莉丝汀 吉婷斯和他助手摄影师杰克一起去采访该油田负责人彼得 贝瑞雪。期间他们在检查海底吸管的时候意外的发现了史前才有的生物。一日，他们乘坐升降器在海底观测，而潜艇驾驶员麦姿则驾驶潜艇钻孔探油却掉入了一个奇妙的洞穴之中，里面景色光怪陆离，绚丽异常。然而噩梦却开始了，某夜记者克莉丝汀为一阵震动吵醒，于是和杰克及医师兼安全主任帕克斯、工程师麦金尼、潜水员艾略特共同乘坐升降器到海底观察，而麦姿和葛瑞迪则驾驶潜艇，就在这时一个庞然大物出现了，却是存在于六千五百万年前的史前巨鲨巨齿鲨，在葛瑞迪葬身鱼腹之后众人纷纷逃命，却不想巨齿鲨被震动所吸引，不停撞击下，众人不得不解开升降器铁锁，任其上升到海面，由直升机解救，这时麦姿用潜艇在将他们顶到冰块之上后遭到了鲨鱼的攻击终于还是被吞噬掉了，而麦金尼由于在上升过程中脚受了重伤，行动不便也遭到鲨鱼毒手。艾略特悲痛欲绝，在心爱女友和同伴相继遭鲨鱼残害之后，他决定用炸弹灭杀这条史前狂鲨，于是在帕克斯的帮助下，他驾驶潜艇下到海底与鲨鱼一番大战并同归于尽。

拥有幸福美满生活的大兵福德·布罗迪，内心隐藏着一个挥之不去的阴eee。15年前，他和父亲乔伊、母亲桑德拉生活在日本。父母供职于一座大型核电站。就在福德的爸爸生日当天，一场突如其来的灾难摧毁了核电站，他的母亲在灾难中丧生，语焉不详的政府隐瞒真相，以防止核辐射的名义封锁了该地区。但是乔伊却从种种异状觉察到反常之处，十五年来他一直试图揭开当天的灾难之谜，终于发现这一切都是由一只如山一般巨大的怪兽所引起。怪兽哥斯拉从沉睡中苏醒，令人难以预测的灾难席卷而来……

科学家吉姆深信自己解开了宇宙的奥秘，打造出可以穿越时空的机器，他在一次实验中发现一株疑似来自未来的大理花，并遇见拥有相同花朵的美女艾碧。当他越深入大理花的来历，越发觉迷人的艾碧并不单纯，不仅和觊觎时空机器的大老板关系匪浅，还可能让他的毕生研究岌岌可危。吉姆决定穿越时空去挽救一切，没想到过去的问题还没解决，未来的自己却受到牵连，命在旦夕，能够帮他的只有神秘的艾碧……