楠木赖子（高桥美佳子 配音）是个14岁的初中生，在班上没什么朋友，但偶然得到班上极为耀目的美少女柚木加菜子（戸松遥 配音）的青睐，两人成为朋友，不料相约乘电车去看湖时飞来横祸，加莱子落下站台被列车轧成重伤。刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……

总是被欺负的幕之内一步在机缘巧合下遇到职业拳击手鹰村，并从此开始了拳击生涯。初入鸭川会的一步在鸭川会长严厉的训练下，终于登上了日本冠军。在卫冕第一战中击败天才拳击手真田之后，下一个对手是曾经在鸭川会一同挥洒汗水的师弟・山田直道。面对不顾情面，大言不惭的宣称要夺取冠军宝座的直道，一步的内心动摇了……

　　某天，一个都市消灭了——　　独行侠运输员拓也，与唯一从消灭中生还的少女小雪。两人靠着本以为音信全无的小雪父亲传来的信息，而开始前往消灭都市。但，两人面前出现了意想不到的阻碍。那是对于小雪而言，过于冲击的现实——对幸存者的思念，暗中活跃的神秘组织，以及被隐藏起来的阴谋。拓也与小雪，原本素昧平生的两人，随着旅行逐渐加深关系，并逐渐逼近消灭都市的谜团。

蓝野青司（小野贤章 配音）是一个随处可见的平凡高中男生，某日，他遇见了名为古莉（青山吉能 配音）的少女，竟然因此被卷入了充满了粉红色气息的恋爱风波中去。原来，古莉的真身是魔王的女儿，拥有一本法力强大的“亲吻笔记”，名字被写在笔记上的人，必须在二十四小时内同他人接吻，不然古莉便会死去。 　　在误打误撞之中，古莉将青司的名字写在了笔记本上，这也就意味着，如果无法接吻，青司将面临着“一辈子单身”的悲惨命运。外表单纯内里腹黑的绯山茜（沼仓爱美 配音）、傲娇活泼的空手道少女蓝野亚久亚（高桥李依 配音）、拥有着超强毅力的黄蝶崎柚（长野佑纪 配音），究竟是谁能够帮助青司走出困境？

就读穗群原学园的普通女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片。有一天遇到了从凛手上逃出来的万花筒之杖，并被强制变成魔法少女，成为魔法红宝石的持有人，被魔法红宝石的原主人凛强制要求帮其收回卡片。借由魔法红宝石的力量变身为魔法少女·Prisma伊莉雅。平常喜欢看魔法少女的动画DVD，所以愿望是成为魔法少女。就读穗群原学园小学部，兴趣是看动画。跑50米短跑总是不输给男生，但是却输给美游。因处理地脉正常化的仪式出了差错，导致从伊莉雅身上分离出来并实体化的人格。皮肤较伊莉雅黝黑，发色也偏银色，服装类似Archer，但比较裸露。性格较伊莉雅来的狡猾，但除了凛、露维亚、美游及伊莉雅的母亲外，没人认得出来她不是伊莉雅，为了方便和伊莉雅区别，而被凛取名叫“小黑”，而克洛伊·冯·爱因兹贝伦为自己掰出来的名子。原本为了抹除伊莉雅而不择手段的攻击，但被凛及露维亚活捉，并被下了共享痛觉的血印诅咒，计划因此泡汤，之后转学到伊莉雅班上。伦敦时钟塔的魔术师，魔法红宝石原持有人，根据大师傅的命令而与露维亚一起来到冬木市进行卡片的回收工作。擅长的魔术是宝石魔术，本期时钟塔的首席候选。刚刚留学。因使用魔法少女的力量与露维亚争执，而被红宝石抛弃。本作的凛个性较为活跃；服装也较为多变与少女化倾向。而第二部开始，因为宝石用完却没钱补充的关系，便在露维亚的家中担任女仆，对士郎有好感。与凛一起回收卡片任务的魔术师。魔法莎菲亚的原持有人，由于在冬木市的上空与凛开始争执而被魔法蓝宝石抛弃。芬兰人，是魔术世家艾德费尔特当家，虽然非常富有但本身却非常讨厌无谓的花费；和远坂凛同样擅长宝石魔术，曾说过：“荷包的深浅之别就代表战力之间的决定性差距！”在时钟塔留学时遇见与自己能力类似的远坂凛，因个性不合导致两人交恶，甚至是已经到了水火不容、一山不容二虎的地步，每次一见面绝对是以开战收场，对士郎有好感，总会妄想自己与士郎结婚的未来。自称爱和正义的魔法杖。被称之为愉快型魔术礼装，虽然是人工天然精灵但是性格恶劣。第二魔法的应用的一级品的魔术礼装。能够使用多元转变，让使用者能够下载平行世界的技能。在变身的同时能够让使用者使用A级的魔术障壁、物理保护、促进治疗、身体能力强化等常备能力。